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Com o seu alto perfil, Gusmão converte-se em objectivo principal do governo indonésio. Uma campanha para capturá-lo finalmente ocorre em novembro de 1992. Em novembro de 1992 foi preso, submetido à tortura do sono, julgado e condenado a prisão perpétua pelo governo indonésio. Foi-lhe negado o direito a se defender. Passou sete anos na prisão de Cipinang em Jacarta. A sua libertação, no entanto, ocorreria em fins de 1999. Durante o cativeiro foi visitado por representantes das Nações Unidas e altos dignitários como Nelson Mandela.
=== Referendo e administração das Nações Unidas ===
Em 30 de agosto de 1999 é realizado um referendo em Timor-Leste, com a esmagadora maioria da população a votar pela independência do território. Perante isso, os militares indonésios e os grupos paramilitares por eles apoiados e armados começaram uma campanha de terror que trouxe consequências terríveis. Apesar do governo indonésio negar estar por detrás desta ofensiva, foi condenado internacionalmente por não evitar a acção. Como resultado da pressão diplomática internacional, uma força de pacificação da ONU, constituída maioritariamente por soldados australianos entrou em Timor-Leste e Gusmão foi libertado. Com o seu regresso a Díli começou uma campanha de reconciliação e de reconstrução.
Gusmão foi convidado para governar juntamente com a administração da ONU até 2002. Durante este tempo promoveu continuamente campanhas para a unidade e a paz dentro de Timor-Leste e assumiu-se como o líder ''de facto'' na nova nação.
=== Eleição como presidente (2002) até a actualidade ===
As eleições presidenciais, em abril de 2002, deram-lhe a vitória de forma retumbante, convertendo-o no primeiro presidente de Timor-Leste quando o país se tornou formalmente independente, em 20 de maio de 2002<sup>[2]</sup> .
No início de 2007 anuncia que não é candidato à reeleição. Funda, com o objectivo de concorrer às eleições legislativas de 30 de Junho, um novo partido político cuja sigla é CNRT, a mesma do antigo Conselho Nacional de Resistência Timorense, o que causa polémica. Do ato eleitoral sai indigitado.
Depois da libertação do jugo indonésio, foi o primeiro presidente do Timor Leste e ocupou mais tarde o cargo de [[primeiro-ministro]].<ref name=REUTERS-06-FEV-2015>{{citar web |url=http://br.reuters.com/article/worldNews/idBRKBN0LA11Z20150206 |acessodata=6 de fevereiro de 2015 |autor=Marcelino Pereira |coautores= |data=6 de fevereiro de 2015 |título=Primeiro-ministro de Timor Leste, Xanana Gusmão renuncia ao cargo |publicado=Reuters Brasil |citação= }}</ref>
== Biografia ==
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