A repressão ao movimento foi sangrenta. Tropas portuguesas chefiadas pelo general [[Luís do Rego Barreto]] avançaram pelo sertão de Pernambuco a partir do território baiano, enquanto uma força naval despachada do Rio de Janeiro bloqueou o porto do Recife. Em poucos dias 8 mil homens cercavam a capitania. No interior, a batalha decisiva foi travada na localidade de [[Ipojuca]]. Derrotados, os revolucionários tiveram de recuar em direção ao Recife. Em [[19 de maio]] as tropas entraram na cidade e a encontraram abandonada e sem defesa. O governo provisório, isolado, se rendeu no dia seguinte.
Como de início não havia governador português em Pernambuco, os revolucionáriosrevoltosos iam sendo despachados para a Bahia na medida em que eram capturados. Mas com a chegada de Luís do Rego Barreto, instalou-se um tribunal militar e os julgamentos passaram a ser feitos no Recife. Treze réus foram executados pelo [[crime de lesa-majestade]], a maioria enforcados e esquartejados, enquanto outros foram fuzilados. O Padre João Ribeiro suicidou-se, mas o seu corpo foi desenterrado, esquartejado e sua cabeça exposta em praça pública. Um episódio que emocionou até os carrascos foi o de Vigário Tenório, que foi enforcado e decepado, teve as suas mãos cortadas e o corpo arrastado pelas ruas recifenses. Além disso, houve estupros de filhas e mulheres dos revolucionários e sequestro dos seus bens, e muitos revoltosos morreram de maus tratos na prisão.<ref>{{citar web|url=http://jconline.ne10.uol.com.br/canal/cultura/noticia/2017/03/05/os-personagens-que-fizeram-a-revolucao-de-1817-272971.php|título=Os personagens que fizeram a Revolução de 1817|publicado=Jornal do Commercio|acessodata=27-4-2017}}</ref><ref>{{citar web|url=http://jconline.ne10.uol.com.br/canal/cultura/noticia/2017/03/11/revolucao-de-1817-uma-historia-ainda-pouco-ensinada-273860.php|título=Revolução de 1817, uma história ainda pouco ensinada|publicado=Jornal do Commercio|acessodata=27-4-2017}}</ref><ref>{{citar web|url=http://blogs.diariodepernambuco.com.br/historiape/index.php/2016/08/07/gertrudes-marques-uma-mulher-do-povo-em-1817/|título=Gertrudes Marques, uma mulher do povo em 1817|publicado=Diario de Pernambuco|acessodata=15-7-2019}}</ref>
Também em retaliação, foi desmembrada de Pernambuco, com sanção de João VI de Portugal, a comarca das [[Alagoas]], cujos proprietários rurais haviam se mantido fiéis à Coroa, e como recompensa, puderam formar uma [[Capitania de Alagoas|capitania autônoma]].<ref name="gomes" />
