Em [[2005]], mais um fato histórico para o clube de [[Guarulhos]]. A equipe Sub-13 foi convidada para participar de um torneio comemorativo à [[Copa do Mundo FIFA de 2002|Copa do Mundo de 2002]], que ocorreu na [[Coreia do Sul]] e no [[Japão]]. Apesar de não conquistar o título, o rubro-negro teve um grande desempenho.
Em [[2007]], o [[Corvo]] terminou oem paulista11° dalugar na [[Campeonato Paulista de Futebol - Série A3|Série A3]];emdo 11°Campeonato lugarPaulista]], e conquistando uma vaga napara a [[Copa Energil C]];, paradisputada ono segundo semestre do mesmo ano. OndeNessa competição, a equipe realizou uma ótima campanha, terminando com o vice-campeonato.
[[2008]] foi um ano especial para o '''Flamengo''';, pois, o clube conquistou o maior feito que uma equipe guarulhense já alcançou;: o inédito título doda [[CampeonatoSérie PaulistaA3 dedo Futebol de 2008 - Série A3|Campeonato Paulista - Série A3]], e também o acesso de volta aà [[Campeonato Paulista de Futebol - Série A2|Série A2]]. No segundo semestre, o clube recém promovido para o [[Campeonato Paulista de Futebol - Série A2|Campeonato Paulista da Série A2]]; conquistou também o direito de disputar a [[Copa Paulista de Futebol|Copa Paulista]], depois de seis anos. E logo,mais ouma Corvovez Guarulhense;o jáclube fez história, chegando até as Quartas-quartas de-Final; conquistando o 7° lugar.Apósfinais eliminareliminando times tradicionais da [[Campeonato Paulista de Futebol|Série A1]] e também da [[Campeonato Paulista de Futebol - Série A2|Série A2]].
Em sua reestreia no torneio estadual do segundo escalão, em [[2009]], o clube fez bela campanha na primeira fase, e se classificou para o quadrangular final. Mas não conseguiu conquistar o acesso a elite; terminando o campeonato em 7° lugar.<ref>{{Citar web|url=http://www.futebolpaulista.com.br/clubes/Associa%C3%A7%C3%A3o+Atl%C3%A9tica+Flamengo/Hist%C3%B3ria|titulo=História do Flamengo}}</ref>
