Pouco se sabe dos últimos anos do conde Afonso, excepto que foi preso por ordem do rei em Saint-Jean-de-Luz, embora tenha sido libertado pouco tempo depois, e que se dizia que estava envolvido numa conspiração do rei de Portugal contra Henrique III em 1397, embora nunca se soubesse ao certo.
Passou vários anos em [[Baiona (França)|Baiona]]. Em março de 1396, Juan Hurtado de Mendoza, mordomo-mor do rei Henrique III de Castela, escreveu ao conselho de Burgos sobre as informações que tinha recebido dos homens que tinha em BayonneBaiona e do bispo dessa cidade sobre o conde de Noreña. Uma das notícias era sobre Isabel de Portugal, que tinha deixado Castela para BayonneBaiona e "a raiva do Conde por isso, e a sua intenção de a enviar como emissária ao Rei de Castela".{{Sfn|Ortego Rico|2015|pp= 243-244, doc. 932}} A 8 de Janeiro de 1397, o rei {{Lknb|Carlos|III|de Navarra}} ordenou o pagamento de dois panos que a rainha [[Leonor de Castela, Rainha de Navarra|Leonor de Trastamara]] tinha enviado de presente à esposa do conde Afonso em BayonneBaiona.{{Sfn|Ortego Rico|2015|p= 399, doc. 1548}} A documentação do reinado de Henrique III confirma a presença do conde Alfonso em BayonneBaiona durante vários anos. A 1 de Janeiro de 1407, Henrique, filho de Alfonso, recebeu vinte libras para ir ver o seu pai que estava em BayonneBaiona. O último documento onde o conde Afonso é mencionado nesta colecção de documentos —embora não implique necessariamente que tenha morrido pouco tempo depois—, é uma carta do rei {{Lknb|Martim|I|Aragão}} dirigida a Afonso, na qual este lhe ordenou "que se afastasse da fronteira com Castela e regressasse aos territórios aragoneses, proibindo-o de passar mais longe para a cidade de Saragoça e de se aproximar de Castela a mais de vinte léguas". Esta ordem foi o resultado de cartas enviadas pelos reis de Castela e do infante [[Fernando I de Aragão|Fernando]] (irmão de Henrique III) quando souberam que o conde estava "deitado a uma liga da fronteira entre Aragão e Castela", apesar de Henrique III lhe ter concedido autorização para viver em Aragão, como tinha pedido Martim I a pedido de Afonso ".{{Sfn|Ortego Rico|2015|p= 830, doc. 3138}}
Nem a data nem o local da sua morte são conhecidos. Poderia ter sido em Portugal, em [[Marans (Maine-et-Loire)|Marans]],{{Harvnp|López de Ayala|1780|pp=106-121, Tomo II}} ou em [[Baiona (França)|Baiona]] depois de 1407.
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