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Revisão das 19h20min de 3 de novembro de 2021
O WikiPathways [1] [2] é um recurso comunitário para contribuir e manter conteúdo relacionado a vias biológicas. Qualquer usuário registrado do WikiPathways pode contribuir, e qualquer um pode se tornar um usuário registrado. [3] As contribuições são monitoradas por um grupo de administradores, mas a maior parte da revisão por pares, curadoria editorial e manutenção é responsabilidade da comunidade de usuários. O WikiPathways é construído usando o software MediaWiki, uma ferramenta de edição gráfica customizada PathVisio [4] ) e bancos de dados BridgeDb [5] integradas que cobrem os principais genes, proteínas e sistemas metabólicos.
Conteúdo de vias
Cada artigo no WikiPathways é dedicado a um caminho específico. Muitos tipos de vias moleculares são cobertas, incluindo vias metabólicas, [6] desinalização e regulatórias. O repositório cobre diversas espécies, [7] incluindo humano, camundongo, peixe-zebra, mosca da fruta, C. elegans, fermento, arroz e arabidopsis, [8] bem como bactérias e espécies de plantas. Usando um recurso de pesquisa, pode-se localizar uma via específica pelo nome, pelos genes e proteínas que ele contém ou pelo texto exibido em sua descrição. A coleção de caminhos também pode ser pesquisada com combinações de nomes de espécies e categorias baseadas em ontologias.
Acesso e integração
Além de vários formatos de dados primários (por exemplo GPML, BioPAX, Reactome, [9] KEGG e RDF [10] ), o WikiPathways suporta uma variedade de maneiras de integrar e interagir com o conteúdo de vias biológicas. Isso inclui links diretos, mapas de imagens, feeds RSS e serviços web. [11] Isso permite a reutilização em projetos como o Mapa de Doenças COVID19. [12]
Veja também
- Reactome
- KEGG
- GenMAPP
- PathVisio
- Genenetwork
- Cytoscape
- BioPAX
Referências
Ligações externas
- ↑ Alexander R Pico; Thomas Kelder; Martijn P van Iersel; Kristina Hanspers; Bruce R Conklin; Chris Evelo (22 de julho de 2008), «WikiPathways: pathway editing for the people», PLoS Biology, ISSN 1544-9173 (em inglês), 6 (7): e184, PMC 2475545
, PMID 18651794, doi:10.1371/JOURNAL.PBIO.0060184, Wikidata Q21092742
- ↑ Martina Summer-Kutmon; Anders Riutta; Nuno Nunes; et al. (4 de janeiro de 2016), «WikiPathways: capturing the full diversity of pathway knowledge», Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048 (em inglês), 44 (D1): D488-94, PMC 4702772 , PMID 26481357, doi:10.1093/NAR/GKV1024, Wikidata Q24082733
- ↑ Marvin Martens; Ammar Ammar; Anders Riutta; et al. (8 de janeiro de 2021), «WikiPathways: connecting communities», Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048 (em inglês), 49 (D1): D613–D621, PMC 7779061 , PMID 33211851, doi:10.1093/NAR/GKAA1024, Wikidata Q102205677
- ↑ Martijn P van Iersel; Thomas Kelder; Alexander R Pico; Kristina Hanspers; Susan Coort; Bruce R Conklin; Chris Evelo (2008), «Presenting and exploring biological pathways with PathVisio», BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105 (em inglês), 9 (1), PMC 2569944 , PMID 18817533, doi:10.1186/1471-2105-9-399, Wikidata Q21284199
- ↑ Martijn P van Iersel; Alexander R. Pico; Thomas Kelder; Jianjiong Gao; Isaac Ho; Kristina Hanspers; Bruce R Conklin; Chris T. Evelo (4 de janeiro de 2010), «The BridgeDb framework: standardized access to gene, protein and metabolite identifier mapping services», BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105 (em inglês), 11 (1), PMC 2824678 , PMID 20047655, doi:10.1186/1471-2105-11-5, Wikidata Q28842753
- ↑ Slenter, Denise N.; Kutmon, Martina; Hanspers, Kristina; Riutta, Anders; Windsor, Jacob; Nunes, Nuno; Mélius, Jonathan; Cirillo, Elisa; Coort, Susan L. (10 November 2017). «WikiPathways: a multifaceted pathway database bridging metabolomics to other omics research». Nucleic Acids Research. 46: D661–D667. PMC 5753270 . PMID 29136241. doi:10.1093/NAR/GKX1064 Verifique data em:
|data=(ajuda) - ↑ «Browse pathways - WikiPathways»
- ↑ Hanumappa, Mamatha; Preece, Justin; Elser, Justin; Nemeth, Denise; Bono, Gina; Wu, Kenny; Jaiswal, Pankaj (2013). «WikiPathways for plants: a community pathway curation portal and a case study in rice and arabidopsis seed development networks». Rice. 6. 14 páginas. PMC 4883732 . PMID 24280312. doi:10.1186/1939-8433-6-14
- ↑ Bohler, Anwesha; Wu, Guanming; Kutmon, Martina; Pradhana, Leontius Adhika; Coort, Susan L.; Hanspers, Kristina; Haw, Robin; Pico, Alexander R.; Evelo, Chris T. (20 May 2016). «Reactome from a WikiPathways Perspective». PLOS Computational Biology. 12: e1004941. Bibcode:2016PLSCB..12E4941B. PMC 4874630 . PMID 27203685. doi:10.1371/journal.pcbi.1004941 Verifique data em:
|data=(ajuda) - ↑ Waagmeester, Andra; Kutmon, Martina; Riutta, Anders; Miller, Ryan; Willighagen, Egon L.; Evelo, Chris T.; Pico, Alexander R. (23 June 2016). «Using the Semantic Web for Rapid Integration of WikiPathways with Other Biological Online Data Resources». PLOS Computational Biology. 12: e1004989. Bibcode:2016PLSCB..12E4989W. PMC 4918977 . PMID 27336457. doi:10.1371/journal.pcbi.1004989 Verifique data em:
|data=(ajuda) - ↑ Kelder, T.; Pico, A. R.; Hanspers, K.; Van Iersel, M. P.; Evelo, C.; Conklin, B. R.; Hide, W. (2009). «Mining Biological Pathways Using WikiPathways Web Services». PLOS ONE. 4: e6447. Bibcode:2009PLoSO...4.6447K. PMC 2714472 . PMID 19649250. doi:10.1371/journal.pone.0006447
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|acessodata=, |data=(ajuda);
