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Estas classificações baseadas em [[anatomia comparada]] dominaram a [[Sistemática]] até às décadas mais recentes, quando a disponibilidade de meios de análise do [[ADN|material genético]] e o surgimento da [[biologia molecular]] vieram por em crise a estruturação existente, já que organismos aparentemente semelhantes podem ter origem filogenética muito distinta enquanto organismos morfologicamente muito afastados podem ser parentes próximos. Assim, apesar das suas aparências diversas, crescentemente os seres vivos são agrupados em função da sua organização biológica intrínseca, formandos Filos baseados na sua organização interna, estudada ao nível molecular<ref>{{cite book
| last = Parker
| first = Andrew
| year = 2003
| title = In the blink of an eye: How vision kick-started the big bang of evolution
| publisher = Free Press
| location = Sydney
| id = (ISBN 0743257332)
| pages = 1-4
}}"</ref>.
Desde cedo na história da [[Sistemática]] se percebeu que, na determinação das relações de pertença a um qualquer grupo taxionómico, a organização interna e a estrutura orgânica de um organismo eram mais importantes do que a sua morfologia externa. A organização interna determina a forma como um animal procede à troca de gases com o meio envolvente, obtêm nutrientes e elimina resíduos metabólicos e se reproduz. Estas funções, subjacentes à própria definição de ser vivo, são hoje as grandes determinantes na [[cladística]] moderna.
▲ da Biologia Evolucionária é hoje tentar determinar a proximidade filogenética entre seres vivos, tentando obter agrupamentos racionais, ignorando quando necessário a diversidade morfológica, já que nem sempre existe uma relação directa entre a forma e a função e muito menos entre a morfologia exterior e a morfologia interna e a biologia molecular.
Por exemplo, apesar de aparentemente muito diferentes, as [[aranha]]s e os [[caranguejo]]s pertencem ao filo dos [[Arthropoda]], enquanto as [[minhoca]]s e as [[lombriga]]s, apesar de morfologicamente muito semelhantes, pertencem, respectivamente, aos filos [[Annelida]] e [[Platyhelmintha]].
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