O clube foi fundado no ano de 1997 com a fusão de dois clubes: o FK Venta e o FK Nafta. Seu antecessor, FK Venta foi um dos maiores clubes do Campeonato Letão por volta da década de 1960.
Seu grande ápice foi na década de 1960, com a conquista da Copa da Letónia em 1967 e o Campeonato Letão em 1969. Neste ano o FK Venta terminou o campeonato com 43 pontos em 20 vitórias, 3 empates e 3 derrotas, todas fora de casa (nessa época a vitória valia 2 pontos). Além disso, nesta incrivél campanha o Venta marcou 45 gols e sofreu apenas 16. Na época o dirigente do Venta era um grande homem, admirado não só pelo seus torcedores, como também por toda a Letónia, este era Vladimir Chikinov.
Esta era a escalação da época: Leonid Virko, Konstantin Zhurkevich, Aleksandr Busarov, Valery Yashenko, Aleksandr Tronev, Ariy Shmerling, Vladimir Samohvalov, Aleksandr Novash, Nikolay Chaevky, Nikolay Pozdnyakov, Vladimir Chikinov, Viktor Yurinov, Viktor Litvinenko, Aleksandr Rakicky, Valentin Ipolitov, Vladimir Kutuzov, Valentin Vetrenko, Genady Hrustalov.
Evidentemente as vitórias, os títulos e a admiração não vieram tão fáceis assim. Foram impostos grandes esforços nos treinos e nos jogos, sendo que naquela época os equipamentos eram muito modestos com poucas fontes, com os treinos sucedendo-se em algumas salas do porto de Ventspils. Havia campos também em Piltene, além de viajarem freqüentemente à Moldávia. Para o fornecimento de jogadores novos e talentosos, o clube mantinha contato com algumas escolas na tentativa de revelá-los e em muitas vezes o tal plano deu certo, além de ser obrigação ter no elenco ao menos um garoto com menos de 18 anos. Assim grandes jogadores apareceram na equipe como por exemplo Kutuzov, Ivankovich, Dishlov, Romanenko, Fedotov e muitos outros.
Durante os anos 1970 a equipe foi perdendo prestígio e na década de 1980 perdeu também apoio financeiro, extinguindo-se por alguns anos. Em 1994 o FK Venta tentou retomar suas atividades na Virsliga porém com a grande demanda de jogadores pedindo dispensa o clube se extinguiu novamente.
Em 1995 foi fundado o clube FK Nafta na tentativa de ressuscitar o FK Venta. Na sua primeira temporada o FK Nafta sagrou-se campeão da 2ª Divisão da Virsliga. Logo depois o clube extinguiu-se novamente.
A História Moderna do FK Ventspils é formada em 1997 com a fusão do FK Venta e do FK Nafta. Em fevereiro de 2007, o clube que representa a cidade de Ventspils, à margem do Rio Venta, com apenas 45.000 habitantes, completou seu 10º aniversário com uma enorme festa em sua homenagem. Em um período tão curto de tempo o FK Ventspils se tornou um dos maiores e mais fortes clubes da Letónia, ganhando vários títulos e troféus. Desde aquela época o Ventspils ganhou enorme respeito internacional sendo campeão da Virsliga nos anos de 2006, 2007 e 2008, além de, conseqüentemente, participar diversas vezes da eliminatória da Liga dos Campeões e da Taça UEFA, além da Copa Intertoto. Em 2003, pela primeira vez na história do Ventspils, ele conquistou a Copa da Letónia, até então, o maior feito do clube. Por várias vezes o Ventspils foi segundo, terceiro e quarto colocados, porém nunca desistiu, sempre batalhou muito para conseguir alguma vez na história do clube o maior feito para ele: a Virsliga.
Na sua primeira partida pela Liga Europa, o Ventspils conseguiu um belo empate fora de casa em 1 a 1 frente ao Hertha Berlim. O Hertha abriu o placar aos 34 minutos do primeiro tempo com o meio-campistapolonêsŁukasz Piszczek. Logo depois, aos 3 minutos do segundo tempo, veio o gol de empate do Ventspils, com o atacanteletãoEdgars Gauračs. Já na segunda rodada da Liga Europa, o Ventspils conseguiu um outro empate frente ao Heerenveen por 0 a 0. Na terceira rodada o Ventspils enfrentou o Sporting de Portugal em casa, perdendo por 2 à 1 com gols de Miguel Veloso e João Moutinho; o meio-campista Juris Laizāns diminuiu para a equipe da casa. Novamente o Ventspils enfrentou o Sporting, desta vez em Lisboa no Estádio José Alvalade; neste jogo o Ventspils saiu vitorioso com um empate em 1 à 1, gols de Carlos Saleiro (para o rime da casa) e Alessandro Zamperini (para o time visitante). Hoje o Ventspils é o último colocado do Grupo D com apenas 3 pontos em 4 partidas, tendo até uma boa campanha, atrás do Sporting com 10, o Hertha com 4 e o Heerenveen também com 4 pontos. Sua próxima partida será em casa contra o Hertha Berlim e depois joga na Holanda contra o Heerenveen em Heerenveen no Abe Lenstra Stadion.
Nota: Bandeiras indicam equipe nacional, conforme definido pelas regras de elegibilidade da FIFA. Os jogadores podem ter mais de uma nacionalidade não-FIFA.
Jurijs Bespalovs
Nunzio Zavettieri
Saulus Cekanavicus
Sergei Borovsky (1997—1998)
Saulius Cekanavicius (1998)
Boris Sinyicin (1999—2000)
Paul Ashworth (2001-2003)
Sergejs Semjonovs (2005)
Roman Hryhorchuk (2005-2009)
Nunzio Zavettieri (2009-2010)
Dejan Vukićević (2018-2019)
