A história original mostra a Terra sendo invadida por uma entidade devoradora de mundos intitulada Genma. A Princesa Luna então faz contato, através de telepatia, com Vega, que teve seu mundo destruído por Genma. Juntos eles buscam reunir um time de psíquicos para combater a ameaça e com isso conhecem o jovem Jo, que acaba de descobrir ser também um Esper.
Após o Armagedom ocorrido no primeiro Genma Taisen, a vida na Terra ressurge em um período caótico onde humanos são tratados como escravos pela tribo Mah e os próprios símios que deram origem a espécie evoluíram e se tornaram parte de uma casta superior. A sociedade antes formada pelos humanos não existe mais, e os gêmeos Rufu e Jin nasceram do cruzamento entre a espécie humana e o rei dos Mah, sendo portanto dotados de incríveis poderes, embora preservem um coração humano.
A história se passa em um universo alternativo e abrange o fim da humanidade segundo Nostradamus, em 1999, e a decadência da civilização. O destino da humanidade está nas mãos da Princesa Beatriz, da Transilvânia, filha da Rainha Luna, que tem a chave para viajar pelo tempo e espaço.
