- O Início
Kilikia FC foi fundada em 1992 e participou do primeiro campeonato independente do país (os outros haviam sido campeonatos regionais na extinta União Soviética). Em 1992 o Kilikia terminou o campeonato na 12° posição, posição que dava direito na época a disputar continuar na 1° divisão. Mas em 1993 o clube fundiu-se com colegas lutando financeiramente o Malatia Yerevan. A fusão durou apenas 1 ano, pois o Kilikia foi rebaixado para 2° Divisão. Mas problemas financeiros levaram o clube a falência na época.
- O Renascimento
O clube renasceu em 1997, mas não participou do campeonato até 1999. Em 1999 uma das equipes em crise financeira na época o Pyunik Yerevan foi a falência, o Kilikia conseguiu tomar seu lugar na Premier League. Em 2001 o Kilikia foi novamente rebaixado para a 2° divisão depois de se recusar á pagar à taxa de entrada. Eles foram novamente promovidos em 2003. E desde então terminou em sexto e quinto lugar na Premier League, com o quinto lugar em 2005 consegui vaga na Taça Interloto 2006. O Clube foi desde então lutando para ser técnicamente igual aos outros clubes.
Ashot Aghababyan
Dinamo Tbilisi
