Os jogos referentes à qualificação, play-off, e eliminatórias também podem serem jogados em terças ou quartas-feiras, em vez de quintas-feiras devido a conflitos de agenda.
Nas fases de qualificação e a rodada play-off, as equipes são divididas com base em seus 2.015 coeficientes da UEFA. As equipes do mesmo país não podem ser tiradas uns contra os outros nesta fase da competição.
O sorteio para a primeira pré-eliminatória foi realizado no dia 20 de junho de 2016. A primeira partida será disputada no dia 30 de junho, e a segunda em 07 de julho de 2016.
O sorteio para a terceira pré-eliminatória foi realizado no dia 15 de julho de 2016. A primeira partida será disputada no dia 28 de julho, e a segunda em 03 e 04 de agosto de 2016.
Um total de 58 equipes jogam na terceira pré-eliminatória: 25 equipes que entram nesta rodada, e os 33 vencedores da segunda pré-eliminatória.
O sorteio para a fase play-off foi realizado em 05 de agosto de 2016. A primeira partida será disputada no dia 18 de agosto, e a segunda em 25 de agosto de 2016.
Um total de 44 equipes jogam no play-off rodada: os 29 vencedores da terceira pré-eliminatória, e mais 15 perdedores da UEFA Champions League 2016-17.
O sorteio para a fase de grupos será realizado em Mônaco em 26 de agosto de 2016. A 48 equipes estão distribuídas em quatro potes com base em seus coeficientes. Eles são distribuídos em doze grupos de quatro, com a restrição que as equipes do mesmo país não podem ser tiradas uns contra os outros.
Em cada grupo, as equipes jogam entre si em casa e outro fora. Os jogos são de 15 de setembro, 29 de setembro, 20 de outubro, 03 de novembro, 24 de novembro e 08 de dezembro de 2016. Os vencedores dos grupos e os segundos classificados antecipadamente para a fase de 16-avos, onde eles se juntarão os oito terceiros classificados da fase de grupos da UEFA Champions League 2016-17.
Um total de 48 equipes jogam na fase de grupos: 16 equipes que entram nesta fase, os 22 vencedores da rodada play-off, e os 10 perdedores dos play-offs da UEFA Champions League 2016-17.
O sorteio para a fase de grupos foi realizado em Mônaco em 26 de agosto de 2016. A 48 equipes estão distribuídas em quatro potes com base em seus coeficientes. Eles são distribuídos em doze grupos de quatro, com a restrição que as equipes do mesmo país não podem ser tiradas uns contra os outros.
Nota: O esquema usado acima é usado somente para uma visualização melhor dos confrontos. Todos os confrontos desta fase são sorteados e não seguem a ordem mostrada.
O sorteio para a esta fase ocorreu dia 12 de dezembro de 2016 em Nyon. As partidas de ida serão realizadas em dia 16 de fevereiro, e as partidas de volta serão realizadas em 23 de Fevereiro de 2017.
O sorteio para a esta fase ocorreu dia 24 de fevereiro de 2017 em Nyon. As partidas de ida serão realizadas em dia 09 de março, e as partidas de volta serão realizadas em 16 de março de 2017.
O sorteio para as semifinais e final (para determinar a equipe de "casa" para fins administrativos) realizou-se a 21 de abril de 2017. A primeira mão foi disputada no dia 04 de maio, e a segunda a 11 de maio de 2017.