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A história de Alagoas se inicia antes do descobrimento do Brasil pelos portugueses, quando o atual território do estado era povoado pelos índios caetés. A costa do atual Estado de Alagoas, reconhecida desde as primeiras expedições portuguesas, desde cedo também foi visitada por embarcações de outras nacionalidades para o escambo de pau-brasil (Caesalpinia echinata).
Quando da instituição do sistema de Capitanias Hereditárias (1534), integrava a Capitania de Pernambuco, e a sua ocupação remonta à fundação da vila do Penedo (1545), às margens do rio São Francisco, pelo donatário Duarte Coelho Pereira, que incentivou a fundação de engenhos na região. Palco do naufrágio da Nau Nossa Senhora da Ajuda e subsequente massacre dos sobreviventes, entre os quais o Bispo D. Pero Fernandes Sardinha, pelos Caeté (1556), o episódio serviu de justificativa para a guerra de extermínio movida contra esse grupo indígenas pela Coroa portuguesa.