No dia 11 de Setembro de 2008, na última fase antes das oitavas-de-final da Copa do Rei 2008-2009, o Real Unión derrotou o poderoso Real Madrid em Irun, por 3 a 2, e no Estadio Santiago Bernabeu, calou os merengues, mesmo sendo derrotado por 4 a 3 em Madrid, pois garantiu a vaga para as oitavas por causa da Regra do gol fora de casa (3 x 2).
Em junho de 2009, o clube do País Basco garantiu o acesso para a Segunda Divisão Espanhola, apos derrotar o Sabadell (2 a 1 no agregado) e o Alcorcon (3 a 1 no agregado) e após 44 anos de ausência da Segunda divisão, os Txuri-beltz retornaram ao torneio.