Pokémon Special é dividido em várias partes distintas que são conhecidas como capítulos, e esses, por sua vez, são divididos em volumes e muitos capítulos menores. Há catorze divisões principais no momento, com dez delas completamente publicadas e uma delas parcialmente publicada. 55 volumes do mangá foram lançados em maio de 2020.
Red, Green & Blue
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Este arco apresenta as viagens de Red e Blue (Green na versão japonesa) através de Kanto, conquistando os oito ginásios e a Liga Pokémon. Mais tarde, uma treinadora chamada Green (Blue na versão japonesa) entra na trama. Juntos, eles destroem os planos da Equipe Rocket, uma organização do mal que usa Pokémon para atingir seus objetivos. Red também auxilia Blaine na captura de Mewtwo, além de salvar Yellow de Pokémon selvagens na Floresta de Viridian. Green é derrotada por Professor Carvalho na Liga Pokémon, que embora tenha ganhado, não quer ir para a final. Red derrota Blue na final e é campeão.
Este arco apresenta as viagens de Yellow por Kanto à procura de Red, que estava desaparecido. Ela recebe o Pikachu de Red e parte a sua busca. Durante sua jornada, Yellow é atacada pelos membros da Elite Quatro que estavam sendo controlados para tentar dominar o mundo. Ocorre uma revelação: Sabrina, Lt. Surge e Koga são da Equipe Rocket e Blaine é um de seus formadores. Yellow então derrota a Elite Quatro e encontra Red, que havia sido raptado por um misterioso pássaro que foi para Johto.
Gold & Silver
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Este arco apresenta as viagens de Gold através de Johto em sua tentativa de acabar com os planos da Neo Equipe Rocket, uma nova Equipe Rocket, liderada pelo Máscara Gélida. Mais adiante, dois outros treinadores entram na trama da história: Silver, que já teve parte de sua vida ligada com os vilões da série, e Crystal, uma treinadora Pokémon com o objetivo de capturar todos os pokémons e assim ajudar o Profº Carvalho a completar a sua Pokédex.
Eles conhecem Eusine, um homem que quer pegar o Suicune. E houve outra revelação: o Máscara Gélida era Pryce, um dos líderes de ginásio de Johto. Juntos, Gold, Silver e Crystal derrotam o Máscara Gélida e impedem que ele controlasse Lugia, Ho-Oh e Celebi.
Ruby & Sapphire
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Este arco apresenta as viagens de Ruby, um garoto que veio de Johto para Hoenn, e Sapphire, uma garota aspirante a treinadora. Eles estão tentando conquistar todos os concursos Pokémon e ginásios em Hoenn, respectivamente, dentro de um intervalo de 80 dias. No entanto, dentro desse período eles terão que encarar duas novas organizações do mal, a Equipe Magma, que quer dominar a terra com a ajuda de Groudon, e a Equipe Aqua, que quer dominar os mares com a ajuda de Kyogre. Além disso tudo, Ruby e Sapphire acabam tendo que se preocupar com outra coisa também: seus sentimentos um pelo outro.
FireRed & LeafGreen
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O foco deste arco volta novamente para os personagens Red, Blue e Green. Red e Green são obrigados a explorar as Ilhas Sevii para procurar pelo Profº Carvalho, que foi raptado por um Deoxys. Enquanto isso, Blue finalmente encontra seu pais, no entanto, quando está prestes a alcançá-los, eles são engolidos por um misterioso buraco negro. Giovanni havia se aliado a Deoxys para que ele, com seus poderes psíquicos, o ajudasse a encontrar seu filho. Mewtwo, que havia se rebelado contra os Rockets, se une a Red para enfrentar Giovanni. Mais tarde, Deoxys consegue se libertar do controle de Giovanni. É neste arco também que descobre-se que Silver é filho de Giovanni. A série termina com Red, Green, Blue, Yellow e Silver sendo engolidos por uma misteriosa luz e se transformando em estátuas de pedra.
Este arco começa com um treinador chamado Emerald. Ele é enviado pelo Profº Carvalho e Crystal à uma ilha, a Batalha da Fronteira, para encontrar e proteger Jirachi dentro de sete dias. Ao chegar lá, ganha um segundo desafio, o de derrotar os sete Cérebros da Fronteira dentro desse mesmo prazo.
Durante esse tempo, Emerald conhece Todd Snap e descobre que o vilão Guile Hideout está à procura de Jirachi para fins malignos. Mais tarde, Gold, Crystal, Ruby e Sapphire chegam na Batalha da Fronteira com a missão de resgatar Jirachi e usar seus poderes para desejar que Red e os outros deixem de ser estátuas.
Diamond & Pearl
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Este arco apresenta as viagens de Diamond, Pearl e a senhorita Berlitz (Platinum) enquanto viajam através de Sinnoh e o Mt. Coronet. O objetivo da viagem é de Berlitz cumprir uma tradição de família, usando um material do cume da montanha para criar um acessório que ostenta o brasão da família Berlitz. No entanto, um mal-entendido leva ela a acreditar que seus guarda-costas eram Diamond e Pearl, e entrega a eles os iniciais que possuia. Porém eles pensam que estão em um reality show e com a senhorita Berlitz como um guia turístico. A viagem torna-se difícil, uma vez que eles devem enfrentar e derrotar a Equipe Galática. Durante suas viagens, Berlitz decide testar as habilidades de Diamond e Pearl fazendo com que eles desafiem ginásios e concursos pokémon.
Este arco contará a história da senhorita Platinum Berlitz em sua jornada na Batalha da Fronteira. Nele também iremos conhecer Looker, que está fazendo investigações sobre o Mundo Distorcido.
HeartGold & SoulSilver
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Este arco irá estrelar Gold e Silver novamente. Até agora as únicas coisas que são conhecidas é que Gold estará em uma batalha contra Arceus. Enquanto isso, a Equipe Rocket está ressurgindo e mantendo uma base na recém-inaugurada Safari Zone. Os quatro executivos Rockets Proton, Petrel, Ariana e Archer parecem ter controle sobre a nova equipe.
Black & White
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Este arco apresenta um garoto chamado Black em uma jornada pra ser um mestre pokémon. Ele acaba sendo empregado pela garota chamada White, dona da BW Agency. Nesta agência White cede Pokémons que atuam em séries, comerciais e outros programas de TV. Os rivais Cheren e Bianca surgem como possuidores da Pokédex. Por causa de um acidente, Black deixou pra trás, a única Pokédex em funcionamento no laboratório da Profª Juniper, se tornando uma peça-chave para acabar com os esquemas da Equipe Plasma.
Black 2 & White 2
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Este arco apresenta Black, um garoto aparentemente normal, matriculado na Escola de Treinamento da Cidade de Aspertia. No entanto, ele é realmente um membro da Polícia Internacional, que tem como objetivo encontrar os membros remanescentes da Equipe Plasma que foi derrotado há dois anos. Sem o conhecimento dele, a nova aluna, Whitley, passa a ser um ex-membro da Equipe Plasma.
- Volumes 55 ao 62
- Mini-Volumes 1 ao 6
Este arco apresenta X, um garoto que venceu um Torneio Pokémon quando criança, ficou deprimido devido a más experiências com os paparazzi e o público falando mal dele. Embora seus amigos Y, Shauna, Tierno e Trevor tentem levá-lo de volta ao normal, ele se recusa a ouvi-los. Enquanto isso, o Equipe Flare tem como objetivo capturar tanto o Mega Ring do X quanto o Pokémon Lendário Xerneas e Yveltal para energizar sua arma final.
Omega Ruby & Alpha Sapphire
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- Volumes 62 ao 64, (Ainda em andamento)
- Mini-Volumes 1 ao 3
Este arco apresenta o retorno do trio Hoenn de Ruby, Sapphire e Emerald baseado nas versões Omega Ruby e Alpha Sapphrire do jogo. Ruby, Sapphire e Emerald adquirem Mega Braceletes e Mega Stones de Steven para ajudá-lo em sua missão de salvar a Terra da morte iminente por um meteorito, enquanto Ruby encontra uma garota misteriosa pelo caminho. Safira fica traumatizada quando aprende a verdade sobre o metor e, em consequência desse trauma, perde a voz e o olfato. Ruby assume o papel de lorekeeper e faz Rayquaza confiar nele para que eles possam salvar o mundo através do uso de sabedoria de dragão. Baseia-se principalmente nos eventos do Delta Episode nos jogos.
Este arco apresenta um menino chamado Sun, que é um mensageiro com a esperança de reunir 100 milhões de ienes e uma garota chamada Moon, que é uma farmacêutica e arqueira profissional.
Sword & Shield
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- Mini-Volumes 1 ao 7, (Ainda em andamento)
Este arco apresenta dois meninos chamados Henry Sword (Sōdo Tsurugi na versão original), que é um carpinteiro; Marvin, que é um estudante, e uma menina chamada Casey Shield (Shirudomiria Tate na versão original), que é uma animadora. Ambos são acompanhados pela Professora Magnolia pela viagem de Galar.
O mangá foi publicado na editora Shogakukan, através da revista CoroCoro Ichiban! em março de 1997 no Japão. O mangá foi traduzido para o inglês nos Estados Unidos pela VIZ Media, lançado como Pokémon Adventures, mas a publicação terminou em 2001 com o volume 7. Mais tarde, o VIZ publicou a primeiro volume publicado em 2 de junho de 2009 e o segundo volume em Agosto, e continua até agora. No sudeste da Ásia principalmente Singapura, a editora Chuang Yi e traduz Pokémon Special para o inglês e continuou a traduzir novos volumes até o volume 41. A empresa, no entanto, entrou em liquidação voluntária no início de 2014 e a tradução foi interrompida. Agora Shogakukan Asia publica com a série na Singapura.[3] Jilin Fine Arts, com colaboração à VIZ Media Shanghai Branch, que traduziu o mangá em chinês. Na Taiwan, é publicado por Ching Win, que o traduz para chinês e o libera em sua publicação mensal na revista CoroCoro Comic.
Em 3 de maio de 2014, a Panini Comics anunciou o lançamento de Pokémon Special no Brasil, com o Capítulo Black e White, sendo lançado em 22 de setembro do mesmo ano.[4] A Panini disse que se o mangá fizesse bastante sucesso, ela iria continuar a publicar os outros arcos. Em 2 de março de 2016, foi anunciado a publicação do Capítulo Red, Green & Blue, em comemoração ao aniversário de 20 anos da franquia, sendo lançado em 10 de outubro do mesmo ano. O Capítulo Yellow, sendo lançado em 30 de abril de 2017.[5] Em 7 de novembro de 2017, foi anunciado a publicação do Capítulo Gold & Silver, sendo lançado em janeiro de 2018.[6] Em 18 de dezembro de 2018, foi anunciado a publicação do Capítulo Ruby & Sapphire, sendo lançado em 25 de abril 2019.[7] O Capítulo FireRed & LeafGreen, sendo lançado em 23 de julho de 2021. O Capítulo Emerald, sendo lançado em 24 de dezembro de 2021. O Capítulo Diamond & Pearl, sendo lançado em 19 de agosto de 2022. O Capítulo Platinum, sendo lançado em 9 de fevereiro de 2024. O Capítulo HeartGold & SoulSilver, sendo lançado em 19 de abril de 2024.