Ainda é um tópico muito debatido e várias [[Hipótese|hipóteses]] são levantadas para explicar o surgimento dos peroxissomas, alguns pesquisadores afirmarafirmam que eles surgiram de forma similar aos [[Cloroplasto|cloroplastos]] e às [[Mitocôndria|mitocôndrias]], por meio de [[endossimbiose]] com um organismo procariótico que perdeu seu [[material genético]] e independência com o tempo <ref>{{Citar periódico|ultimo=Lazarow|primeiro=P. B.|coautores=Y.|data=1985-01-01|titulo=Biogenesis of peroxisomes|jornal=Annual Review of Cell Biology|volume=1|paginas=489–530|issn=0743-4634|pmid=3916321|doi=10.1146/annurev.cb.01.110185.002421|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3916321}}</ref>. Um dos possíveis seres que originou o peroxissoma poderia ser do grupo das [[Actinobacteria|actinobactérias]]<ref>{{Citar periódico|ultimo=Duhita|primeiro=Narendra|coautores=Huyen Ai Thuy|data=2010-01-15|titulo=The origin of peroxisomes: The possibility of an actinobacterial symbiosis|jornal=Gene|volume=450|numero=1-2|paginas=18–24|issn=1879-0038|pmid=19818387|doi=10.1016/j.gene.2009.09.014|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19818387}}</ref>. Já outros pesquisadores acreditam na hipótese da formação espontânea dos peroxissomas a partir do [[retículo endoplasmático]]<ref>{{Citar periódico|ultimo=Schlüter|primeiro=Agatha|coautores=Stéphane|data=2006-04-01|titulo=The evolutionary origin of peroxisomes: an ER-peroxisome connection|jornal=Molecular Biology and Evolution|volume=23|numero=4|paginas=838–845|issn=0737-4038|pmid=16452116|doi=10.1093/molbev/msj103|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16452116}}</ref> <ref>{{Citar periódico|ultimo=Gabaldón|primeiro=Toni|coautores=Berend|data=2006-03-23|titulo=Origin and evolution of the peroxisomal proteome|jornal=Biology Direct|volume=1|paginas=8|issn=1745-6150|pmid=16556314|doi=10.1186/1745-6150-1-8|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16556314}}</ref> com o possível recrutamento de [[Enzima|enzimas]] que eram originalmente mitocondriais<ref>{{Citar periódico|ultimo=Gabaldón|primeiro=Toni|coautores=Berend|data=2006-03-23|titulo=Origin and evolution of the peroxisomal proteome|jornal=Biology Direct|volume=1|paginas=8|issn=1745-6150|pmid=16556314|doi=10.1186/1745-6150-1-8|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16556314}}</ref>.
É muito provável que os peroxissomas atuais sejam somente vestígios de uma [[Organelo|organela]] ancestral que realizava o [[metabolismo]] completo do [[Oxigénio|oxigênio]] nas [[Célula|células]] eucarióticas primitivas, mas com a [[endossimbiose]] da [[célula]] com a [[mitocôndria]], que não só lidava com o [[Oxigénio|oxigênio]] como também acoplava a produção de energia a estes processos, as funções do peroxissoma primitivo se tornaram obsoletas e só se mantiveram aquelas que eram exclusivas da [[Organelo|organela]] (não competiam com a [[mitocôndria]]). <ref name=":1" />{{referências}}
