Em 31 de março de 2021, foi designado para assumir o cargo de [[Lista de ministros do Exército do Brasil|Comandante do Exército Brasileiro]], substituindo o general [[Edson Pujol]].<ref>{{citar web |url=https://www.focus.jor.br/nascido-em-iguatu-general-paulo-sergio-e-escolhido-para-comandar-o-exercito/ |titulo=Nascido em Iguatu, general Paulo Sérgio é escolhido para comandar o Exército |acessodata= |publicado=www.focus.jor.br}}</ref>
==Caso Eduardo Pazuello==
Em 23 de maio de 2021, o então General da ativa [[Eduardo Pazuello]] participou com o presidente [[Jair Bolsonaro]] de uma manifestação política no Rio de Janeiro<ref>{{Citar web |url=https://g1.globo.com/fantastico/noticia/2021/05/23/bolsonaro-provoca-aglomeracao-em-passeio-de-moto-com-apoiadores-no-rio.ghtml |titulo=Bolsonaro provoca aglomeração em passeio de moto com apoiadores no Rio |acessodata=2021-06-04 |website=G1 |lingua=pt-br}}</ref>. O general chegou a subir ao palanque e discursar aos manifestantes. O caso ganhou bastante repercussão por contrariar o Regulamento Disciplinar do Exército Brasileiro<ref>{{Citar web |url=https://politica.estadao.com.br/noticias/geral,participacao-de-pazuello-em-ato-pode-abrir-nova-crise-militar-no-governo-bolsonaro,70003723927 |titulo=Participação de Pazuello em ato pode abrir nova crise militar no governo Bolsonaro - Política |acessodata=2021-06-04 |website=Estadão |lingua=pt-BR}}</ref>.
Inicialmente, o Comandante Paulo Sérgio e o comando do Exército Brasileiro se prontificaram a emitir uma nota pública, condenando o ato. No entanto, a publicação de qualquer nota pública foi vetada pelo presidente Jair Bolsonaro<ref>{{Citar web |url=https://politica.estadao.com.br/blogs/fausto-macedo/bolsonaro-proibe-defesa-e-exercito-de-soltar-nota-sobre-caso-pazuello/ |titulo=Bolsonaro proíbe Defesa e Exército de soltar nota sobre caso Pazuello |acessodata=2021-06-04 |website=Fausto Macedo |lingua=pt-br}}</ref>.
Dias depois, após a abertura de apuração disciplinar do caso, o Comandante afirmou em nota divulgada em 03 de junho de 2021 que “não restou caracterizada a prática de transgressão disciplinar por parte do general Pazuello” e arquivou o caso<ref>{{Citar web |url=https://www1.folha.uol.com.br/poder/2021/06/exercito-decide-nao-punir-pazuello-por-participacao-em-ato-com-bolsonaro-no-rio.shtml |titulo=Sob pressão de Bolsonaro, Exército livra Pazuello de punição por ato com presidente no Rio |data=2021-06-03 |acessodata=2021-06-04 |website=Folha de S.Paulo |lingua=pt-BR}}</ref>.
