Em [[16 de outubro]] de [[2020]], foi anunciada a transferência de Zaracho para o [[Clube Atlético Mineiro|Atlético Mineiro]].<ref>{{Citar web|url=https://globoesporte.globo.com/futebol/times/atletico-mg/noticia/atletico-mg-oficializa-contratacao-do-argentino-matias-zaracho-10o-reforco-da-era-sampaoli.ghtml|titulo=Atlético-MG oficializa contratação do argentino Matías Zaracho, 10º reforço da "era Sampaoli"|obra=Globo Esporte|data=16 de outubro de 2020|acessodata=16 de outubro de 2020}}</ref> Ele assinou um contrato de cinco anos.<ref>{{Citar web|url=https://atletico.com.br/noticias/reforco-de-peso-matias-zaracho-assina-com-o-galo-ate-2025|titulo=Reforço de peso: Matías Zaracho assina com o Galo até 2025|obra=Clube Atlético Mineiro|data=17 de outubro de 2020|acessodata=18 de outubro de 2020}}</ref> Sua estreia aconteceu no dia 24, entrando no decorrer do empate por 0 a 0 contra o [[Sport Club do Recife|Sport]], pelo [[Campeonato Brasileiro de Futebol de 2020 - Série A|Campeonato Brasileiro]].<ref>{{Citar web|url=https://globoesporte.globo.com/mg/futebol/brasileirao-serie-a/jogo/24-10-2020/atletico-mg-sport.ghtml|titulo=Atlético-MG pressiona, mas falha nas finalizações e Sport segura o empate|obra=Globo Esporte|data=24 de outubro de 2020|acessodata=8 de novembro de 2020}}</ref> Duas rodadas depois, em 8 de novembro, marcou seu primeiro gol pelo ''Galo'', fechando o placar da goleada por 4 a 0 sobre o [[Clube de Regatas Flamengo|Flamengo]].<ref>{{Citar web|url=https://globoesporte.globo.com/mg/futebol/brasileirao-serie-a/jogo/08-11-2020/atletico-mg-flamengo.ghtml|titulo=Impiedoso no contra-ataque, Atlético-MG goleia o Flamengo no Mineirão|obra=Globo Esporte|data=8 de novembro de 2020|acessodata=8 de novembro de 2020}}</ref>
Em [[18 de agosto]] de [[2021]] marcou um gol de voleio que abriu a vitória de seu time contra o [[Club Atlético River Plate|River Plate]], em jogo válido pelo confronto de volta das quartas de final da [[Copa Libertadores da América de 2021]], que no fim terminou em 3 a 0 e classificação atleticana para as semifinais deste mesmo torneio.<ref>https://ge.globo.com/futebol/times/atletico-mg/noticia/atuacoes-do-atletico-zaracho-assina-obra-e-hulk-e-incrivel-em-campo.ghtml</ref>
