Durante o início de 2008, Temporão enfrentou duas grandes crises endêmicasepidêmicas que foram amplamente exploradas pela mídia, a da [[febre amarela]] no interior de [[Goiás]] e a da [[dengue]] na [[cidade do Rio de Janeiro]], respectivamente. Durante a endemiaepidemia da dengue, foi criticado por [[César Maia]], prefeito do Rio. Temporão afirmou que uma crise na qual várias pessoas morreram não é o momento mais adequado para troca de acusações mútuas.
