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*'''Ministro da Marinha''';
*'''*Gabinete do Ministro''';
*'''*Comissões de âmbito geral''':
#***Comissão do Direito Marítimo Internacional;
#***Comissão Consultiva de Estatística;
**'''Ramo naval''':
#***[[Conselho Superior da Armada]];
#***[[Marinha Portuguesa#Chefe do Estado-Maior da Armada|Chefe do Estado-Maior da Armada]];
#***Conselho de Promoções da Armada;
#***Conselho Superior de Disciplina da Armada;
#***[[estado-maior#Estado-Maior da Armada|Estado-Maior da Armada]];
#***Superintendência dos Serviços do Pessoal;
#***Superintêndência dos Serviços do Material;
#***Junta de Revisão da Armada;
**'''Ramo do fomento marítimo''':
#***[[Autoridade Marítima Nacional|Direcção-Geral dos Serviços de Fomento Marítimo]]
#***Junta Nacional da Marinha Mercante;
#***Junta Nacional do Fomento das Pescas;
#***Comissão Consultiva das Pescas;
**'''Ramo de investigação do mar''':
#***[[Instituto Hidrográfico (Portugal)|Instituto Hidrográfico]];
**'''Ramo da administração financeira''':
#***Comissão Liquidatária de Responsabilidades;
#***Intendência dos Serviços de Administração da Marinha;
#***Conselho Administrativo da Administração Central da Marinha;
*'''*Entidades e organismos de natureza cultural''':
#***Centro de Estudos de Marinha;
#***[[Museu da Marinha]]
#***Biblioteca Central da Marinha;
#***Arquivo Geral da Marinha;
#***Comissão de Redação da ''Revista da Armada'';
*'''*Entidades e organismos de natureza fabril''':
#***[[Arsenal do Alfeite]].
O ramo naval - onde se incluiam os assuntos militares da Marinha - correspondia, essencialmente à [[Armada Portuguesa]] (também conhecida por "[[Marinha de Guerra Portuguesa]]"). O Estado-Maior da Armada, além constituir o órgão de apoio à decisão do Chefe do Estado-Maior da Armada - na sua função de chefe da componente militar da Marinha - também servia de estado-maior central de apoio direto ao Ministro da Marinha.
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