Nessa série, existem duas áreas: Inner (cidades) e Outer (coisas fora das cidades).
Enquanto Vent/Aile junto com Girouette (Giro, em inglês) transportam um Live/Bio-Metal (objeto que contém informações do passado), Vent/Aile cai em um buraco e vê algumas pessoas sendo atacadas por uma cobra mecânica. O Live/Bio-Metal X, vendo a coragem do(a) garoto(a) ativa o Model X, onde Vent/Aile fica com a armadura de X. A Inner é atacada por Mavericks, e Girouette/Giro usa seu Live/Bio-Metal que contém o Model Z. Mas ele é derrotado e entrega o Live/Bio-Metal para Vent/Aile e Vent/Aile usa o Modelo ZX que é a fusão dos modelos Z e X. E conforme você vai derrotando os chefes, Pseudoroids ([[Reploid]]s mutantes que contém os poderes dos Live Metals que foram roubados) você ganha outros Live/Bio-Metals (cada um com os poderes de um dos 4 guardiões que apareciam na série Zero). Mas perde o Modelo X por causa de ser a base obrigatória da fusão de cada Modelo no jogo (Z"X", P"X", L"X", H"X", F"X" e O"X"), mas para poder manter o Modelo X após conseguir o Modelo ZX, é só terminar o jogo na dificuldade normal ou difícil com Vent e Aile e gravar, e assim tendo dois saves com o jogo terminado na mesma dificuldade mas com personagens diferentes (Vent em um e Aile em outro), ao começar o jogo novamente nessas condições após adiquirir o Modelo ZX, ainda terá o Modelo X ao invés de perder.
