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===Representação de seqüências===
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Após a linha de cabeçalho e comentários, uma ou mais linhas devem seguir descrevendo a seqüência: cada linha de uma seqüência deve ter menos de 80 caracteres. Seqüências podem ser seqüências de proteínas ou seqüências de [[ácido nucleico|ácidos nucleicos]], e elas podem conter lacunas ou caracteres de alinhamento (ver [[alinhamento de sequências]]). Seqüências devem ser representados nos códigos padrão IUB/IUPAC para [[aminoácido|aminoácidos]] e [[ácido nucleico|ácidos nucleicos]], com as seguintes exceções: minúsculas são aceitas e são mapeadas em letras maiúsculas; um único hífen ou traço pode ser usado para representar um caracter de lacuna; e em seqüências de aminoácidos, U e * são letras aceitáveis (veja abaixo). Dígitos numéricos não são permitidos, mas são usados em alguns bancos de dados para indicar a posição na seqüência.
▲The nucleic acid codes supported are{{Citation needed|date=June 2011}}<ref>{{cite web|url=http://www.dna.affrc.go.jp/misc/MPsrch/InfoIUPAC.html|title=IUPAC code table|publisher=NIAS DNA Bank}}</ref>:
{| class="wikitable sortable" style="border:solid 1px black;"
! Nucleic Acid Code
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|-
| A
| [[
|-
| C
| [[
|-
| G
| [[
|-
| T
| [[
|-
| U
| [[
|-
| R
| G A ([[
|-
| Y
| T U C ([[
|-
| K
| G T U ([[
|-
| M
| A C ([[
|-
| S
| G C (Interação forte -do inglês '''S'''trong interaction
|-
| W
| A T U (Interação fraca -do inglês '''W'''eak interaction
|-
| B
| G T U C (
|-
| D
| G A T U (
|-
| H
| A C T U (
|-
| V
| G C A (
|-
| N
| A G C T U (qualquer - a'''N'''y)
|-
| X
| mascarado
|-
| -
| lacuna de comprimento indeterminado
|}
▲<!--
The codes supported (24 amino acids and 3 special codes) are:
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