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Penalidade para lacunas: diferenças entre revisões

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== Penalidade para Lacunas Constante ==
A Penalidade constante para lacunas é o tipo mais simples de penalidade para lacunas. O único parâmetro, d, é adicionado à pontuação do alinhamento quando a lacuna é aberta pela primeira vez. Isto significa que qualquer lacuna recebe a mesma penapenalidade, independentemente do seu tamanho.
 
== Penalidade para Lacunas Linear ==
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Penalidades para lacunas linear tem apenas um parâmetro, d, que é uma penalidade por unidade de comprimento. Essa é quase sempre negativa, de modo que o alinhamento com menos lacunas é favorecido sobre o alinhamento com mais lacunas. Sob uma penalidade para lacunas linear, a penalidade total para uma lacuna grande é a mesma que para muitas lacunas pequenas.
 
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== Linear gap penalty ==
Linear gap penalties have only one parameter, d, which is a penalty per unit length of gap. This is almost always negative, so that the alignment with fewer gaps is favoured over the alignment with more gaps. Under a linear gap penalty, the overall penalty for one large gap is the same as for many small gaps.
 
== Affine gap penalty ==
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