Penalidade para lacunas: diferenças entre revisões
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'''Penalidade para lacunas'''<ref name="Lesk">{{Referência a livro|autor=Lesk, Arthur M.|título=Introdução à Bioinformática|subtítulo=|idioma=|edição=|local=Porto Alegre|editora=Artmed|ano=2005|páginas=381|página=199|volumes=|volume=|id=|isbn=978-85-363-1104-3}}</ref> ou '''Penalidade para gaps'''<ref name="Gibas">{{Referência a livro|autor=Gibas, Cynthia; Jambeck, Per|título=Desenvolvendo Bioinformática|subtítulo=Ferramentas de Software para Aplicações em Biologia|idioma=|edição=|local=Rio de Janeiro|editora=Campus|ano=2001|páginas=440|página=183-184|volumes=|volume=|id=|isbn=85-352-0923-9}}</ref> (gap penalty) são usadas durante o [[alinhamento de seqüências]]. O esquema de penalidade para lacunas contribui para a pontuação geral de alinhamentos e, portanto, o tamanho da penalidade para espaços em relação às entradas na [[matriz de similaridade]] afeta o alinhamento que é finalmente selecionado. Selecionando uma penalidade maior para lacunas ou espaços fará com que caracteres menos favoráveis sejam alinhados, buscando o algoritmo a evitar a criação de muitas lacunas.
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Denotando a função linear por <math>w(k)</math>, para <math>k \geq 1</math>, e a penalidade associada com uma lacuna de <math>k</math> espaços temos
:<math>w(k) =
onde
== Penalidade para Lacunas Afim ==
O modelo de penalidade para lacunas afim<ref group=Nota>Nome dado em razão da relação com a [[função afim]]</ref> penaliza inserções e deleções usando uma função linear em que um termo é o comprimento independente, e a outra é o comprimento dependente. Algumas seqüências são mais propensas a ter uma grande lacuna, em vez de muitas lacunas pequenas. Por exemplo, uma seqüência biológica é muito mais propensa a ter uma grande lacuna de comprimento 10, devido a um único evento de [[Inserção (genética)|inserção]] ou [[deleção]], do que ter 10 pequenas lacunas de comprimento 1. Penalidades para Lacunas Afim usam uma penalidade de lacunas de abertura (opening), ''o'', e uma penalidade de lacunas de extensão ''e''. Uma lacuna de comprimento ''l'' é então dada uma penalidade ''o'' + (''l''-1)''e''. De modo que as lacunas são desencorajadas, ''o'' é quase sempre negativo. Porque algumas lacunas grandes são melhores do que muitas lacunas pequenas, ''e'', apesar de negativo, quase sempre é menos negativo do que ''o'', de modo a incentivar a extensão da lacuna, ao invés da introdução de uma lacuna.
Denotando a [[função afim]] por <math>w(k)</math>, para <math>k \geq 1</math>, e a penalidade associada com uma lacuna de <math>k</math> espaços temos
:<math>w(k) = h + gk</math>,
* {{cite journal |doi=10.1007/BF02458279 |author=Taylor WR |year=1996 |title=A non-local gap-penalty for profile alignment |journal=Bull Math Biol |volume=58 |issue=1 |pages=1–18 |pmid=8819751}}▼
* {{cite journal |doi=10.1016/S0022-2836(05)80006-3 |author=Vingron M, Waterman MS |year=1994 |title=Sequence alignment and penalty choice. Review of concepts, case studies and implications |journal=J Mol Biol |volume=235 |issue=1 |pages=1–12 |pmid=8289235}}▼
* {{cite journal |author=Panjukov VV |year=1993 |title=Finding steady alignments: similarity and distance |journal=Comput Appl Biosci |volume=9 |issue=3 |pages=285–90 |pmid=8324629}}▼
* {{cite journal |author=Alexandrov NN |year=1992 |title=Local multiple alignment by consensus matrix |journal=Comput Appl Biosci |volume=8 |issue=4 |pages=339–45 |pmid=1498689}}▼
* {{cite journal |author=Hein J |year=1989 |title=A new method that simultaneously aligns and reconstructs ancestral sequences for any number of homologous sequences, when the phylogeny is given |journal=Mol Biol Evol |volume=6 |issue=6 |pages=649–68 |pmid=2488477}}▼
* {{cite journal |author=Henneke CM |year=1989 |title=A multiple sequence alignment algorithm for homologous proteins using secondary structure information and optionally keying alignments to functionally important sites |journal=Comput Appl Biosci |volume=5 |issue=2 |pages=141–50 |pmid=2751764}}▼
* {{cite journal |doi=10.1093/nar/12.13.5529 |author=Reich JG, Drabsch H, Daumler A |year=1984 |title=On the statistical assessment of similarities in DNA sequences |journal=Nucleic Acids Res |volume=12 |issue=13 |pages=5529–43 |pmid=6462914 |pmc=318937}}▼
onde g é o valor absoluto do escore associado a um espaço, <math>h + g</math> é o custo do primeiro espaço e <math>g</math> é o custo dos espaços adicionais. Considera-se <math>w(0) = 0</math>.
== Leituras adicionais ==
* {{citar jornal |autor=Taylor WR, Munro RE |ano=1997 |título=Multiple sequence threading: conditional gap placement |jornal=Fold Des |volume=2 |número=4 |página=S33-9}}
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== Notas ==
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