Penalidade para lacunas: diferenças entre revisões

O modelo de penalidade para lacunas afim<ref group=Nota>Nome dado em razão da relação com a [[função afim]]. Dan Gusfield, p. 240 afirma que o modelo "afim" é algumas vezes chamados modelo linear e que ele próprio prefere assim. Mas o termo "afim" se tornou o termo dominante na literatura biológica e "linear" usualmente se refere a função afim com h = 0.</ref> penaliza inserções e deleções usando uma função linear em que um termo é o comprimento independente, e a outra é o comprimento dependente<ref name=gusfield>{{Referência a livro|autor=Gusfield, Dan|título=Algorithms on Strings, Trees, and Sequences|subtítulo=Computer Science and Computational Biology|idioma=inglês|edição=|local=Cambridge|editora=Cambridge University Press|ano=1997|páginas=534|página=241-253|volumes=|volume=|ID=|isbn=0-521-58519-8}}</ref>. Algumas seqüências são mais propensas a ter uma grande lacuna, em vez de muitas lacunas pequenas. Por exemplo, uma seqüência biológica é muito mais propensa a ter uma grande lacuna de comprimento 10, devido a um único evento de [[Inserção (genética)|inserção]] ou [[deleção]], do que ter 10 pequenas lacunas de comprimento 1. Penalidades para Lacunas Afim usam uma penalidade de lacunas de abertura (opening), ''o'', e uma penalidade de lacunas de extensão ''e''. Uma lacuna de comprimento ''l'' é então dada uma penalidade ''o'' + (''l''-1)''e''. De modo que as lacunas são desencorajadas, ''o'' é quase sempre negativo. Porque algumas lacunas grandes são melhores do que muitas lacunas pequenas, ''e'', apesar de negativo, quase sempre é menos negativo do que ''o'', de modo a incentivar a extensão da lacuna, ao invés da introdução de uma lacuna.