Penalidade para lacunas: diferenças entre revisões
Conteúdo apagado Conteúdo adicionado
Linha 29:
\end{cases}
</math>
== Penalidade para Lacunas Não-Linear ==
Embora o modelo de penalidade para lacunas afim seja o mais comumente usado nos dias de hoje, alguns estudos indicam que penalidades para lacunas não-lineares podem trazer vantagens sobre o modelo afim<ref name=pevzner>{{Referência a livro|autor=Pevzner, Pevel A.|título=Computational Molecular Biology|subtítulo=An Algorithm Approach|idioma=inglês|edição=|local=Cambridge|editora=MIT Press|ano=2000|páginas=314|página=100-101|volumes=|volume=|id=|isbn= 0-262-16197-4}}</ref><ref name=higgins>{{Referência a livro|autor=Higgins, Des; Taylor, Willie (editores)|título=Bioinformatics|subtítulo=Sequence, Structure and Databanks|idioma=inglês|edição=|local=Oxford|editora=Oxford|ano=2000|páginas=249|página=56|volumes=|volume=|id=|isbn= 0-19-963790-3}}</ref><ref name=apostolico>{{Referência a livro|autor=Apostolico, Alberto; Galil, Zvi|título=Pattern Matching Algorithms|subtítulo=|idioma=inglês|edição=|local=Oxford|editora=Oxford|ano=1997|páginas=377|página=223-224|volumes=|volume=|id=|isbn= 0-19-511367-5}}</ref>. Waterman em seu artigo infere que uma deleção de, por exemplo, 14 bases, não deveria ser pensada como quatorze deleções simples independentes, mas como provavelmente um único evento de deleção que portanto pesaria bem menos que a soma dos pesos das quatorze deleções somadas individualmente. para modelar melhor esta realidade, Waterman propõe funções com concavidade para baixo como por exemplo<ref name = "waterman">{{citar jornal |autor=Waterman, Michael S. |título=Efficient Sequence Alignment Algorithms|jornal=J Theor Biol.|volume=108 |número=3 |página=334-335|mês=junho|ano=1984 |url=|doi = 10.1.1.15.7383|pmid=6748696}}</ref>:
:<math>w(k) = h + g \,log(k)</math>
== Penalidade para Lacunas Arbitrária ==
| |||