BLOSUM: diferenças entre revisões
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Linha 10:
:<math>S_{ij}= \left( \frac{1}{\lambda} \right)\log{\left( \frac{p_{ij}}{q_i * q_j} \right)}</math>
Aqui, <math>p_{ij}</math> é a probabilidade de dois aminoácidos <math>i</math> e <math>j</math> estarem substituindo uns aos outros em uma seqüência homóloga, e <math>q_i</math> e <math>q_j</math> são as probabilidades de fundo de encontrar os aminoácidos <math>i</math> e <math>j</math> em qualquer seqüência de proteína de forma aleatória. O fator <math>\lambda</math> é um fator de escala, definido de tal forma que a matriz contenha valores inteiros facilmente computáveis.
▲An article in Nature Biotechnology<ref>{{cite journal| year=2008| journal=Nat. Biotech. | volume=26 | pages=274–275| title = BLOSUM62 miscalculations improve search performance | doi = 10.1038/nbt0308-274 | url=http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n3/full/nbt0308-274.html | author = Mark P Styczynski | coauthors = Kyle L Jensen, Isidore Rigoutsos, Gregory Stephanopoulos| pmid=18327232| issue=3 }}</ref> revealed that the BLOSUM62 used for so many years as a standard is not exactly accurate according to the algorithm described by Henikoff and Henikoff.<ref name=henikoff /> Surprisingly, the miscalculated BLOSUM62 improves search performance.{{cn|date=September 2011}}
=={{Ver também}}==
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