O Plano de 1938 proposto pela Junta das Construções Escolares para o Ensino Técnico e Secundário vai ampliar as alas sul e poente do bloco principal em mais um piso, levando Jorge Segurado e Adelino Nunes a abandonar o projecto, afirmando que: “Não é possível resistir a tantas alterações”. Este plano define também que o liceu feminino Infanta D. Maria não seria construído na Quinta da Rainha, mas sim noCalhabé, de modo a dar lugar ao Centro Materno Infantil de Bissaia Barreto, também projectado por Carlos Ramos. Esta alteração inviabilizou o projecto vencedor do concurso de Cristino da Silva e também o projecto para uma espécie de “praça dos liceus” proposto por Carlos Ramos, que poderia ter qualificado a vivência do espaço público entre os dois liceus.
OEntretanto liceue masculinoedifício retomariasofreu oalgumas nomealterações: dealterações: Joséem Falcão1968 a piscina foi transformada em 1974,auditório; começando,<ref>António aindaSimôes antesRodrigues: daLiceu democraciaJosé aFalcão sofrerin diversas"Liceus alterações:de aPortugal" piscinacoord. foiAntónio transformadaNóvoa eme auditório;Ana Teresa Santa-Clara, Porto, 2003</ref>, um pré-fabricado destruiu o espaço exterior entre o Pavilhão e a Casa do Reitor; a cobertura plana é substituída por uma cobertura em chapa de duas águas e as caixilharias de madeira e ferro são substituídas por uma caixilharia de alumínio de desenho fraco, alterando a climatização original das salas de aula. A sequência de obras e projectos pontuais tem lentamente danificado com gravidade este exemplo raro do modernismo de Coimbra. <ref>Ver "do Liceu Dr. Júlio Henriques à Escola Secundária José Falcão" de Gonçalo Canto Moniz em http://www.uc.pt/rualarga/anteriores/19/11</ref>
