De relevo bastante irregular, com altitude variando entre {{fmtn|300}} e {{fmtn|1,822|m}}, encampa desde paisagens campestres a grandes [[furnas]] e encostas recobertas de mata nativa, com [[Cânion|desfiladeiros]]. As maiores altitudes ficam na região nordeste do parque, sendo que o ápice está no [[Morro da Igreja]], com {{fmtn|1,822|m}}. Os ''Campos de Santa Bárbara'' ficam na parte central do parque e tem altitudes de até {{fmtn|1,65034043-|m}}. O solo é predominantemente pedregoso.<ref name="cnuc_página_II">{{citar web|url=http://sistemas.mma.gov.br/cnuc/index.php?ido=relatorioparametrizado.exibeRelatorio&relatorioPadrao=true&idUc=165|titulo=PARQUE NACIONAL DE SÃO JOAQUIM (COMPLETO)|data=28 de dezembro de 2011|publicado=Cadastro Nacional de Unidades de Conservação|acessodata=28 de dezembro de 2011}}</ref><ref name="icmbio_parque_visitacao">{{citar web|url=http://www.icmbio.gov.br/portal/o-que-fazemos/visitacao/ucs-abertas-a-visitacao/196-parque-nacional-de-sao-joaquim|titulo= Parque Nacional de São Joaquim (visitação)|data=|publicado=Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade|acessodata=28 de dezembro de 2011}}</ref>
