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Em [[1791]], publicou "''Éléments de l'art de la teinture''", como conclusão das pesquisas realizadas durante seu trabalho na Fábrica de Gobelins. Também trabalhou sobre [[explosivo]]s. Junto com seu amigo [[Gaspard Monge]], foi um dos comissários do governo na busca de objetos de ciência e arte dos países conquistados pelos exércitos da República. Na [[Itália]] conheceu o jovem general [[Napoleão Bonaparte|Bonaparte]]. Tomou parte do grupo de cientistas que, em [[1798]], acompanharam Napoleão ao [[Egito]], onde estudou as propriedades do [[carbonato de sódio]] hidratado natural (Na<sub>3</sub>(HCO<sub>3</sub>) (CO<sub>3</sub>) - 2H<sub>2</sub>O).
 
Entrou na secção de física do [[Institut d'Égypte|Instituto do Egito]] em 20 de agosto de [[1789]], sendo eleito vice-presidente e, em junho de [[1790]], assumiu a presidência. Elaborou sua teoria sobre afinidades químicas como resultado de uma exploração aos lagos de [[natrão]]. Participou também no reconhecimento da região de [[Suez]] e na campanha da [[Siria]]. Junto com Bonaparte deixou o Egito em 23 de agosto de [[1799]], recuperando sua cátedra no Instituto Nacional. Em [[1802]], assumiu a presidência da comissão encarregada de preparar a ''[[Description de L’Egyptel'Égypte]]''.
 
Em [[1803]], publicou ''Recherche sur les lois des affinités chimiques'' e ''Essai de statistique chimique''. Neste último livro definiu pela primeira vez o conceito de [[equilíbrio químico]]. Suas pesquisas receberam a influência de [[Antoine Lavoisier]]; trabalhou com [[Gaspard Monge]] e teve [[Louis Joseph Gay-Lussac]] como discípulo e protegido.