O principal motivo das incertezas do funcionamento da transferência horizontal se dá pela falta de filogenias com evidencias de várias especies. Como por exemplo o caso do genoma Humano, o qual acredita-se que tem cerca de 100 genes de bactérias. Contudo, a falta de genomas completos de outros animais (atualmente temos apenas genomas completos de vermes e moscas) impossibilita saber se esses genes realmente estão presentes apenas em bactérias e em humanos, ou se eles estão presentes na maioria dos outros animais, mas foram perdidos (perda genica) justamente em vermes e moscas. Então a medida em que acumularmos dados sobre outras especies, poderemos identificar casos de transferência horizontal (ou talvez perda genica) com maior precisão e correção.<ref>Ridley, Mark. Evolução. 3ª ed. Tradução Henrique Ferreira, Luciane Passaglia, Rico Fischer- Porto Alegre: Artmed, 2006. Capítulo: Especiação, 752 pg. p. 584-585.</ref>
