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Em [[Campeonato Brasileiro de Futebol de 2001|2001]], o Atlético Paranaense vence seu primeiro Campeonato Brasileiro (final contra o {{Futebol São Caetano}}, onde ganhou por 4x2 e 1x0) e em [[Campeonato Brasileiro de Futebol de 2004|2004]] foi vice, com o artilheiro [[Washington Stecanela Cerqueira|Washington]] marcando um recorde histórico de trinta e quatro gols numa única edição do Campeonato Brasileiro. Em 2001, o grande nome dos jogos foi o artilheiro [[Alex Mineiro]].
Recentemente, um episódio inusitado entrou para a história do futebol nacional. Classificado àNa final da [[Copa Libertadores da América de 2005|Libertadores de 2005]], o clube não pôde fazer o 1º jogo da decisão em seu estádio, que mesmo sendo considerado na época<ref>[http://www1.folha.uol.com.br/esporte/877588-argentina-reinaugura-estadio-mais-moderno-da-america-do-sul.shtml Argentina reinaugura estádio mais moderno da América do Sul] Folha</ref> como o mais moderno da [[América Latina]], não possuía a capacidade mínima de 40 mil lugares exigida pelo regulamento, problema este que já foi suprido com a finalização da Arena da Baixada. Mesmo assim, a diretoria do Clube Atlético Paranaense investiu, em regime de urgência, um1 milhão de reais na construção de arquibancadas móveis para dar capacidade ao estádio para mais de 42 mil pessoas. Estas mesmas arquibancadas já haviam sido utilizadas no mesmo campeonato na fase anterior, em jogos realizados na América do Sul, sob o aval da CONMEBOL. Mesmo com a autorização oficial de uso das arquibancadas, após vistoria do Corpo de Bombeiros e o órgão oficial de engenharia responsável pela vistoria entregues à CONMEBOL em tempo pelo Clube, a CONMEBOLentidade transferiu o jogo à revelia para uma cidade distante de Curitiba, ao invés de indicar estádios no interior do Paraná, como Londrina ou Cascavel, que tinham estádios com esta capacidade como, por exemplo, o [http://pt.wikipedia.org/wiki/Estádio_Olímpico_Regional_Arnaldo_Busatto Estádio Olímpico de Cascavel]. Assim, o Atlético-PR precisou mandar a partida no [[Estádio Beira-Rio]], pertencentee aoo [[Sportresultado Clubda Internacional|Internacional]],partido ondefoi o empatou por 1x1. Na segunda partida, no [[Estádio Cícero Pompeu de Toledo|Estádio do Morumbi]], o Atlético-PR lutou mas sucumbiu no minutos finais e acabou levando quatro gols no final do jogo pelo time do São Paulo, diante de mais de 70 mil torcedores, perdendo o título da Copa Libertadores da América.
O Atlético-PR participou de trêsquatro [[Copa Libertadores da América|Taças Libertadores da América]], em [[Copa Libertadores da América de 2000|2000]], [[Copa Libertadores da América de 2002|2002]] e 2005, (quando foi vice-campeão) e em 2014.
Na [[Copa Sul-Americana]] de [[Copa Sul-Americana de 2006|2006]], o Atlético também fez uma boa campanha, passando por {{Futebol Paraná}}, {{Futebol River Plate}} e {{Futebol Nacional-URU}} do [[Uruguai]], chegando à semifinal do torneio, onde foi eliminado pelo {{Futebol Pachuca}}.
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