Após escapar da destruição pelos Covenant dono planeta humano Reach, a nave humana ''Pillar of Autumn'', faz um movimento aleatório ''slipspace'' para evitar levar os Covenant à Terra. Chegando ao espaço inexplorado, a tripulação da ''Autumn'' descobre um ''ringworldanel'' gigantesco orbitando um gigante gasoso. Quando os Covenant atacam, o capitão da ''Autumn'', [[Personagens de Halo#Jacob Keyes|Jacob Keyes]], confia na [[inteligência artificial]] da nave, [[Cortana]] — e seu conhecimento de defesas e a localização da Terra - ao supersoldado Master Chief para protegê-la. Master Chief luta contra os grupos de abordagem Covenant e foge da ''Pillar of Autumn'' por meio de um salva-vidas para a superfície do ''ringworldanel'' enquanto Keyes pousa a ''Pillar of Autumn'' na megaestrutura.
No ''ringworldanel'', Chief reagrupa-se com humanos sobreviventes e lidera um grupo de abordagem para resgatar Keyes dos Covenant. Keyes revela que os Covenant chamam o anel de "Halo", e eles acreditam que é algum tipo de arma. Chief é encarregado de encontrar a sala de controle do Halo antes dos Covenant. Assim que Cortana é inserida na sala de controle, ela fica alarmada e fica para trás enquanto envia Master Chief para encontrar Keyes. Enquanto procura pelo capitão, Master Chief encontra com os [[Flood (Halo)|Flood]], um organismo parasita que infecta formas de vida. Isso chama a atenção da IA [[Personagens de Halo#343 Guilty Spark|343 Guilty Spark]], responsável pela guarda do Halo, que pede a ajuda de Chief para ativar as defesas do Halo. A ativação de Chief do anel da sala de controle é interrompida por Cortana, que revela que as defesas do Halo não matam os Flood, mas sim, sua comida, em uma tentativa de deixá-los sem alimento - o que resultaria na destruição de toda a vida na galáxia. Para impedir que os Flood se espalhem e que Spark ative o anel, Cortana inventa um plano para detonar os motores da nave acidentada ''Pillar of Autumn'' para destruir o Halo. Lutando contra os Flood, Covenant e sentinelas robóticas de Guilty Spark, Chief manualmente desestabiliza os reatores da ''Pillar of Autumn'', e ele e Cortana por pouco escapam da destruição do anel em uma nave de combate.<ref>{{cite web | url=http://www.gameinformer.com/b/features/archive/2012/11/02/my-big-dumb-recap-of-halos-story.aspx | title=My Big Dumb Recap Of Halo's Ridiculous Story | publisher=[[GameStop Corporation]] | work=[[Game Informer]] | date=11 de novembro de 2012 | accessdate=7 de julho de 2013 | author=Marchiafava, Jeff}}</ref><ref>{{cite web | url=http://www.1up.com/features/halo-3-wtfiction | title=Halo 3 WTFiction | publisher=Ziff Davis | work=[[1UP.com]] | date=28 de novembro de 2007 | accessdate=6 de julho de 2013 | author=Parish, Jeremy}}{{ligação inativa|date=September 2014}}</ref><ref>{{cite web | url=http://www.gamesradar.com/halo-the-story-so-far/?page=2 | title=Halo: The Story So Far | publisher=Future plc | work=[[GamesRadar]] | date=23 de junho de 2012 | accessdate=6 de julho de 2013 | author=Barratt, Charlie | page=2}}</ref>
