Filogenia: diferenças entre revisões
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''Carl Woese'' surgiu com a teoria dos três [[Domínio (biologia)|domínios]] da vida ([[archaea]], eubactérias e [[Eukaryota|Eucariotos]]) com base na sua descoberta de que os genes que codificam o [[RNA ribossômico]] são antigos e seus ancestrais tranferiram genes e houve transferência de genes com pouco ou nenhum horizontalidade. Portanto, [[rRNA]]s são comumente recomendados como relógios moleculares para reconstruir '''filogenias'''.
Isto é particularmente útil para a '''filogenia''' de [[microorganismo]]s, para a qual o conceito de espécie não se aplica e que são [[Morfologia (biologia)|morfologicamente]] simples de classificar com base em características [[fenotipo|fenotípicas]].
== Amostragem de taxon e sinal filogenético ==
Devido ao desenvolvimento de técnicas avançadas de sequenciação em [[biologia molecular]], tornou-se possível recolher grandes quantidades de dados ([[DNA]] ou sequências de [[aminoácido]]s) para inferir hipóteses '''filogenéticas'''. Não é raro encontrar estudos com matrizes de caracteres baseados em genomas [[mitocôndria|mitocondriais]] (~ 16.000 nucleotídeos, em muitos animais). No entanto, tem sido proposto que isso aumenta do número de [[taxon]]s na matriz do que aumenta o número de caracteres, porque quanto mais taxons mais robusta é a [[árvore filogenética]] resultante.<ref name="Wiens2006">{{cite journal |doi=10.1016/j.jbi.2005.04.001 |title=Missing data and the design of phylogenetic analyses |year=2006 |last1=Wiens |first1=John J. |journal=Journal of Biomedical Informatics |volume=39 |pages=34–42 |pmid=15922672 |issue=1}}</ref>
Isto pode ser em parte devido à ruptura de [[atração de ramificações longas]]. Tem sido argumentado que esta é uma razão importante para incorporar dados de [[Fóssil|fosseis]] em '''filogenias''' sempre que possível. Naturalmente, os dados que incluem os [[taxon]]s filogenéticos fóssil são geralmente baseadas na
Outro fator importante que afeta a precisão da reconstrução da árvore consiste em saber se os dados analisados na verdade contêm um sinal ''filogenético útil'', um termo que é usado geralmente para indicar se os organismos relacionados tendem a assemelhar-se com o seu material genético ou características [[fenotipo|fenotípicas]].<ref name="Blomberg2003">{{cite journal |pmid=12778543 |year=2003 |last1=Blomberg |first1=Simon P. |last2=Garland |first2=Theodore |last3=Ives |first3=Anthony R. |title=Testing for phylogenetic signal in comparative data: Behavioral traits are more labile |volume=57 |issue=4 |pages=717–45 |journal=Evolution |doi=10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x}}</ref> Em última análise, não há nenhuma maneira de medir se uma hipótese '''filogenética''' é precisa ou não, a menos que as verdadeiras relações entre os [[táxon]]s examinados já são conhecidas. O melhor resultado na sistemática pode ser alcançada na árvore com galhos bem suportados em evidências disponíveis.
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== O Papel dos fósseis ==
Muitas características morfológicas [[
'''Filogenias''' moleculares podem revelar a quantidade da diversificação, mas para definir a quantidade de [[taxon]]s que se originaram ou se extinguiram, os dados devem ser trazidos dos fósseis.<ref name="ReferenceA">{{cite journal |doi=10.1016/j.tree.2010.05.002 |title=Diversity dynamics: Molecular phylogenies need the fossil record |year=2010 |last1=Quental |first1=Tiago B. |last2=Marshall |first2=Charles R. |journal=Trends in Ecology & Evolution |volume=25 |issue=8 |pages=434}}</ref> As técnicas moleculares assumem uma quantidade constante de diversificação, que provavelmente e raramente seja verdade. No alguns casos, os pressupostos da interpretação do registro fóssil (por exemplo, um registro completo e imparcial) estão mais perto de ser verdadeiros que a hipótese de uma taxa constante, fazendo as descobertas dos fósseis mais precisas do que as reconstruções moleculares.<ref name="ReferenceA"/>
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