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Matéria orgânica é o conjunto de compostos químicos formado por moléculas orgânicas encontradas em ambientes naturais e artificiais sendo eles terrestres ou aquáticos. A matéria orgânica, geralmente heterogênea, é composta por restos de organismos animais e vegetais e de seus resíduos lançados no ambiente e exerce uma função indispensável na natureza, servindo como fonte de alimento para organismos vivos e como elo de ligação entre diversos ciclos biogeoquímicos. Essa matéria pode ser transportada entre ambientes terrestres e aquáticos e normalmente passa por processos de reciclagem e/ou degradação. [[Micro-organismo|Microorganismos]] desempenham um papel fundamental na reciclagem da matéria orgânica, seja em solo, sedimento ou na coluna de água de corpos aquáticos.