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Em outubro de 1999, em sua 47ª edição, a publicação passou por uma reforma em seu projeto gráfico e editorial, transformando-se em revista. Em março de 2002, começou a ser vendida em bancas e a ter [http://revistapesquisa.fapesp.br/revista/assine/ assinaturas pagas]. Atualmente com uma tiragem de cerca de 30 mil exemplares mensais, ''Pesquisa FAPESP'' se propõe a noticiar e discutir, de forma precisa, equilibrada e acessível, os resultados obtidos em ciência e tecnologia no Brasil<ref>{{Citar periódico|ultimo=Dias|primeiro=Ricardo Henrique Almeida|ultimo2=Almeida|primeiro2=Maria José P. M. de|data=2009-12-01|titulo=Scientific journalism characteristics in reading of popular science texts by undergraduate students of physics|jornal=Revista Brasileira de Ensino de Física|volume=31|numero=4|paginas=4401–4412|issn=1806-1117|doi=10.1590/S1806-11172009000400013|url=http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_abstract&pid=S1806-11172009000400013&lng=en&nrm=iso&tlng=pt}}</ref> e no mundo, em todos os campos do conhecimento que se destaquem por seu impacto intelectual, social ou econômico.
 
A publicação é comumente reconhecida por sua qualidade gráfica e editorial, pelo critério na seleção das pesquisas científicas que são o ponto de partida das reportagens e notas, pelo equilíbrio entre as áreas do conhecimento, pelo rigor da apuração das informações e qualidade dos textos, da edição, e das ilustrações, sendo indispensável para aqueles interessados em acompanhar a produção científica e tecnológica no país.<ref>{{Citar web|url=http://revistapesquisa.fapesp.br/2004/06/01/ciencia-divulgacao-e-leitura/|titulo=Ciência, divulgação e leitura {{!}} Revista Pesquisa Fapesp|acessodata=2016-12-29}}</ref>
 
Em 2002, a revista inaugurou sua [http://revistapesquisa.fapesp.br/ página na internet], disponibilizando na íntegra, com acesso livre, todos os textos publicados na edição impressa (em versões em português, inglês e espanhol), além de [http://revistapesquisa.fapesp.br/revista/edicoes-especiais/ edições especiais] e notícias sobre ciência, tecnologia, inovação e humanidades. Ao longo dos anos, a revista passou a investir em novos tipos de conteúdo, como [http://revistapesquisa.fapesp.br/category/multimidia/videos/ vídeos], [http://revistapesquisa.fapesp.br/category/galerias-de-imagens/ galerias de foto] e [http://revistapesquisa.fapesp.br/category/multimidia/podcast/ podcasts] (Pesquisa Brasil) complementares ou não ao conteúdo publicado na edição impressa. A revista também está nas principais mídias sociais, como [https://www.facebook.com/PesquisaFapesp Facebook], [https://twitter.com/PesquisaFapesp Twitter], e [https://www.instagram.com/pesquisa_fapesp/ Instagram].
 
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