No palácio, Potino, acusado de se corresponder com o inimigo, foi executado por César, ostensivamente obedecendo a ordens de Cleópatra.<ref name="e.r.bevan.ptolemy.13" />
Em negociação com as forças atacantes, César libertou Ptolemeu, então com treze anos, e este assumiu o comando do exército atacante, mas logo chegaram reforços romanos, comandados por [[Mitrídates dode Pérgamo]], e incluindo {{formatnum|3000}} judeus sob comando do [[idumeu]] [[Antípatro (pai de Herodes)|Antípatro]]. O exército alexandrino foi derrotado, e quase todos foram mortos; o corpo de Ptolemeu XIII não foi encontrado, acredita-se que o barco usado na fuga do faraó-menino tenha ficado com muitos refugiados e tenha afundado. Os faraós reinantes passaram a ser os irmãos Cleópatra e o outro filho de Auleta, [[Ptolemeu XIV]],<ref group="Nota">Ptolemeu XIII, no texto de E. R. Bevan.</ref> então com cerca de doze anos, e Arsínoe foi levada a Roma, para desfilar como prisioneira no [[triunfo romano|triunfo]] de César. O texto de E. R. Bevan não menciona o destino do terceiro membro da cabala palaciana, Teódoto de Quios.<ref name="e.r.bevan.ptolemy.13" />
