Um ouriço azul chamado Sonic The Hedgehog está voando em seu avião (noposteriormente futurochamado o nome deste avião seráde Tornado ), até que viu uma pequena ilha chamada South Island(em português, Ilha do Sul em Brasileiro) dita como uma ilha que fica mudando de lugar graças ás misteriosas esmeraldas com poderes Infinitos, as Chaos Emeralds. Sabendo da existência delas, o cientista Dr.Robotnik, que é o principal vilão do jogo, constrói uma base nos confins da ilha, capturando a fauna local para transformar em robôs. Sonic percebe a situação e decide utilizar de suas habilidades para deter o maléfico doutor e salvar os animais amigos de Sonic.
