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Em sua flora, o país possui cerca de 6 000 espécies nativas de plantas, cuja variedade é devida ao calor, à abundância das precipitações, à humidade dos verões e ao relevo. Ao longo do território vê-se ''figuier banian'', ''suji'' e ''hinoki'', bem como plantas comuns em outras partes do mundo, como as [[magnólia]]s.<ref>{{citar web|url=http://www.voyagesphotosmanu.com/vegetacao_japao.html|titulo=A vegetação e os animais ao Japão|acessodata=5 de agosto de 2010|publicado=Fotografias e imagens de viagens}}</ref> Algumas ainda possuem significados simbólicos, como as flores de cerejeira, chamadas sakuras, que representam a beleza efêmera. De suas plantas ainda saem os trabalhos com arranjos, pinturas, tecelagem e cerâmicas, além de remédios.<ref name=FAUN>{{citar web|url=http://www.portaldointercambio.com.br/destinos/intercambio_japao/geografia_japao/flora-e-fauna|titulo=Flora e Fauna|acessodata=5 de agosto de 2010|publicado=Portal do intercâmbio}}</ref>
 
Já em sua fauna é possível ver espécies não encontradas em nenhuma outra parte do globo, como certas variedades de [[faisão|faisões]], [[tubarão|tubarões]] e [[caudados|salamandras]]. Ainda assim, o território japonês possui apenas 118 espécies de mamíferos terrestres selvagens.<ref name=FAUN /> As regiões montanhosas do Japão, com florestas densas, albergam populações relativamente numerosas de mamíferos, dentre eles [[javali]]s, [[tanuki]]s, [[raposa]]s, [[veado]]s, [[antílope]]s, [[lebre]]s e [[doninha]]s. Répteis presentes incluem [[tartarugas marinhas]], [[cágadow:en:Emydidae|cágados]]s, [[Hydrophiidae|serpentes aquáticas]] e [[lagartos]]. Há uma grande variedade de [[sapo]]s, [[rã]]s e [[Tritão (anfíbio)|tritões]], onde se destaca a [[Salamandra-gigante-do-japão]] que atinge os 4 m de comprimento, e é [[endêmica]] do arquipélago. Cerca de 600 espécies de [[aves]] são residentes ou migratórias e diversidade de insetos é típica de regiões com clima temperado úmido.<ref>{{citar web |titulo = Japan :: Fauna -- Britannica Online Encyclopedia |acessodata = 2010-08-06 | url = http://www.britannica.com/EBchecked/topic/300531/Japan/23242/Fauna }}</ref>
 
[[imagem:JapaneseMacaqueM2262 wb.jpg|thumb|O selvagem [[macaco-japonês]], no Parque [[Jigokudani]]]]