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O [[Pantanal]] possui uma das maiores densidades registradas da onça-pintada (entre 6,5 e 7 indivíduos por 100 km²).<ref name=pantanal/> Além, disso, este bioma foi pouco alterado pelo homem, apesar de na bacia do [[rio Paraguai|Alto Paraguai]] mais de 50% da vegetação já ter sido alterada. Essa situação coloca a onça-pintada no Pantanal como "[[quase ameaçada]]", situação melhor que no [[Cerrado]] ("[[espécie em perigo|em perigo]]"), na [[Mata Atlântica]] e [[Caatinga]] (ambas em situação "[[criticamente em perigo|crítica]]").<ref name=pantanal/> Visto ser região com [[pecuária|criação de gado]], a caça como retaliação por conta de ataques ao gado, é uma das maiores ameaças.<ref name=pantanal>{{citar periódico|autor=Cavalcanti,S.M.C.; de Azevedo, F.C.C.; Tomás, W.; Boulhosa, R.L.P.; Crawshaw Jr, P.G.|título= The status of the jaguar in Pantanal - Jaguar in Brazil|periódico=CATNews Special Issue|data=2012|número=7|páginas=29-34|url=http://www.catsg.org/catnews/03_specialissue/jaguar-nap-brazil/content-jaugar-nap-brazil.htm#Article%2006}}</ref> Entretanto, em unidades de conservação do Pantanal, como o [[Parque Nacional do Pantanal Matogrossense]], a onça-pintada tem boas perspectivas de sobrevivência a longo prazo.<ref name=sollmann2008/><ref name=torres2008/>
[[Imagem:Jaguar Madre de Dios Peru.jpg|thumb|300px|left|Onça-pintada na [[Amazônia]], região com boas chances de sobrevivência da espécie.]]
Na [[Amazônia]], apesar de ser estimado ocorrerem mais de 10.000 indivíduos adultos (a maior estimativa para todos os biomas), com uma densidade média de 1 a 2 onças a cada 100 km² (com maior densidade em [[Planície de inundação|áreas alagáveis]] bem preservadas), é considerada como "[[espécie vulnerável]]": o crescente [[desflorestação|desmatamento]], a caça e a diminuição de presas disponíveis colocam a onça-pintada em algum grau de ameaça na Amazônia brasileira.<ref name=amazonia/> As populações não estão separadas, mas em um futuro próximo ela pode estar divida entre 4 ou 5 subpopulações.<ref name=amazonia/> Destas, 4 estariam no "[[arco do desflorestamento]]", e se o atual ritmo de desmatamento continuar, as populações do sudoeste de [[Rondônia]], nordeste do [[Mato Grosso]] e norte do [[Maranhão]] estarão extintas em 100 anos (há chance de sobrevivência apenas das populações no sul do [[Pará]]).<ref name=amazonia/> No {{séc|XX}}, principalmente nos anos [[década de 1960|60]], a grande ameaça à onça-pintada na Amazônia era o comércio internacional de peles, atividade que está proibida atualmente.<ref name=amazonia/> Ainda assim, a espécie vem sendo caçada como troféu<ref>{{Citar web|url=http://www.icmbio.gov.br/portal/ultimas-noticias/20-geral/8190-crime-contra-fauna-choca-populacao-do-sudeste-do-para|titulo=Crime contra fauna choca população do sudeste do Pará|data=2016|publicado=ICMBio|ultimo=|primeiro=|wayb=20160903062300|urlmorta=no|acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web|titulo=Ibama multa caçador por matar pelo menos 19 onças no Pará|url=http://g1.globo.com/pa/para/noticia/2016/09/ibama-multa-cacador-por-matar-pelo-menos-19-oncas-no-para.html|obra=G1 Pará|data=2016
Um plano nacional para a conservação da espécie foi estabelecido em 2009.<ref name=nijhawan2010/> A onça-pintada ocorre em pelo menos 91 unidades de conservação brasileiras,<ref name=morato2013/> e destas, foram definidas 20 unidades de conservação como prioritárias para a conservação da onça-pintada no Brasil, entre [[terra indígena|terras indígenas]], [[Sistema Nacional de Unidades de Conservação da Natureza|áreas de uso sustentável]] e de [[Sistema Nacional de Unidades de Conservação da Natureza|proteção integral]].<ref name=nijhawan2010/> Embora na Amazônia e Pantanal grande parte da vegetação seja contínua, isso não ocorre nos outros biomas, principalmente na Mata Atlântica, o que torna necessário estudos de [[ecologia de paisagem|ecologia da paisagem]] para a aplicação do plano.<ref name=nijhawan2010>{{citar periódico|autor=Nijhawam, S.|título=Conservation units, priority areas and dispersal corridors for jaguars in Brazil - Jaguar in Brazil|periódico=CATNews Special Issue|número=7|páginas=43-47|url=http://www.catsg.org/catnews/03_specialissue/jaguar-nap-brazil/content-jaugar-nap-brazil.htm#Article%2009|data=2012}}</ref> Com a aplicação desse plano, com a integração das várias unidades de conservação da onça-pintada, é possível salvar a espécie da extinção, principalmente por conta de ainda existirem populações saudáveis e viáveis a longo prazo no [[Brasil]].<ref name=nijhawan2010/>
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