Em 1407 esteve por pouco tempo em Oxford novamente, para voltar novamente a Praga nos anos seguintes, onde suas posições nacionalistas começavam a provocarserem perseguiçõescondenados porpela parte daSanta Igreja. Em janeiro de [[1410]], fez pronunciamentos em favor das filosofias de Wyclif, o que foi citado contra si no [[Concílio de Constança]], quatro anos mais tarde. Em março de 1410, foi editada uma bula papal contra os escritos de Wyclif, o que causou a prisão de Jerônimo em Viena e sua excomunhão da Santa Igreja pelo Bispo de Cracóvia. Conseguindo escapar, voltou a Praga, passando a defender publicamente as teses de reforma da Igrejaheresias pregadas por Jan Huss, que por sua vez reforçavam muitas das teses de John Wyclif. Em [[1413]] Jerônimo de Praga visitou as cortes da [[Polônia]] e da [[Lituânia]], causando profunda impressão por seu diferenciado saber e eloqüência.
