[[Ficheiro:Large crocodile in park.jpg|miniaturadaimagem|Um crocodilo em um zoológico. ]]
O crocodilo-de-água-salgada reproduz-se durante a estação húmidaúmida, que decorre entre Março e Novembro, em zonas de água salgada. Nesta época, os machos adquirem um território que defendem de intrusos e procuram atrair as fêmeas com a emissão de sons. As posturas são feitas em ninhos construídos em terra com lama e ramos onde são enterrados 40 a 60 ovos que levam cerca de 90 dias a incubar. A determinação do sexo dos pequenos crocodilos é feita através da temperatura dos ovos durante os primeiros dias após a postura: os machos são produzidos se a temperatura estiver em torno dos 31 °C; se as condições forem mais variáveis, as crias serão fêmeas. A mãe permanece junto do ninho durante todo o período, apesar de não ter parte ativa na incubação, e desenterra os ovos assim que ouve o chamamento das crias. Ela então desloca os filhos do ninho para a água à medida que vão nascendo e toma conta deles apenas até começarem a nadar sozinhos. A maior parte das crias morre durante os primeiros meses como presa de outros animais, mas, à medida que vão crescendo de tamanho, a probabilidade de sobrevivência aumenta. Os machos adultos toleram a presença de juvenis nos seus territórios, às vezes até os caçam, mas assim que os jovens crocodilos crescem para além de um dado número são expulsos do rio. Os machos adolescentes então deslocam-se para zonas de água salgada e percorrem as costas até encontrarem um rio que possam marcar como seu território. A maturidade sexual é atingida entre os 10 a 12 anos para o sexo feminino e os 16 anos para o masculino.
O couro do crocodilo-de-água-salgada é considerado valioso e há quintas onde estes animais são criados para a sua extração.
