Depois de quase quatro anos, o Trem de Prata deixou de circular em 1998, tendo como um dos principais motivos a redução no número de passageiros. Ao ser reativado em 1994, sua capacidade era de 124 passageiros. Depois de dois anos, caiu para 76 passageiros.<ref name="FSP1" />
O barateamento das passagens da [[ponte aérea Rio–São Paulo]] somados aos problemas com atrasos e a falta de manutenção adequada da linha férrea, foram um dosos fatores que motivaram a desistência do consórcio na operação do trem de luxo e a sua consequenteconseguinte desativação. Os problemas na linha férrea durante o percurso, geralmente ocorriam na malha suburbana das duas capitais e causavam por vezes até mesmo a interrupção de viagens, que eram completadas por ônibus.<ref>{{citar web|url= http://www.sescsp.org.br/sesc/revistas_sesc/pb/artigo.cfm?Edicao_Id=31&breadcrumb=1&Artigo_ID=333&IDCategoria=600&reftype=1|título= Ainda fora dos trilhos|publicado= SESC-SP|arquivourl= https://archive.is/q0VI#selection-574.0-574.1|arquivodata= 9/9/2012|urlmorta= sim}}</ref><ref name="FSP1">{{Citar web |url=https://www1.folha.uol.com.br/fsp/cotidian/ff01129810.htm |titulo=Folha de S.Paulo - Sem glamour, Trem de Prata é desativado - 01/12/98 |acessodata=2020-12-18 |website=www1.folha.uol.com.br}}</ref><ref>{{Citar web |ultimo=Londrina |primeiro=Folha de |url=https://www.folhadelondrina.com.br/geral/o-trem-de-prata-faz-sua-ultima-viagem-110611.html |titulo=O Trem de Prata faz sua última viagem |acessodata=2020-12-22 |website=Folha de Londrina |lingua=pt}}</ref><ref>{{Citar web |ultimo=Lucena |primeiro=Felipe |url=https://diariodorio.com/historia-do-trem-de-prata/ |titulo=História do saudoso Trem de Prata |data=2019-01-18 |acessodata=2020-12-22 |website=Diário do Rio de Janeiro |lingua=pt-BR}}</ref>
O último Trem de Prata partiu na noite de 29 de novembro de 1998 da antiga estação Barra Funda (da EFSJ), chegando à estação Barão de Mauá (Leopoldina) na manhã de 30 de novembro. <ref>[http://www.estacoesferroviarias.com.br/cronologia/tremdeprata_1998_foto.htm]</ref><ref>[https://web.archive.org/web/20120726214533/http://veja.abril.com.br/181198/p_141.html Trem fantasma]</ref>
