Método cromatográfico que consiste na separação de biomoléculas de acordo com seu tamanho e forma. A coluna contém um polímero com ligações cruzadas com poros de tamanho definido. Moléculas maiores migram mais rapidamente que as menores porque não conseguem penetrar no interior dos poros da resina, eluindo diretamente da coluna. As moléculas menores, por entrarem pelos poros da coluna, e levarem mais tempo percorrendo os "labirinto" . Uma das características da cromatografia de exclusão molecular, denominada também como filtração em gel, é que as moléculas que apresentam maior volume hidrodinâmico são eluídas primeiramente quando comparadas com as de menor volume. Moléculas que podem ser purificadas pela cromatografia são proteínas, glicoproteínas, ácidos nucléicos e polissacarídeos.