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Em limnologia, chama-se hipolímnio (ou hipolímnion) à camada profunda de alguns lagos em que se regista estratificação. As características químicas, físicas e biológicas desta camada são diferentes das que lhe ficam subjacentes.

Outra interpretação é de que esta camada corresponde à zona afótica dos ecossistemas marinhos, ou seja, a região onde já não se faz sentir a ação da luz solar.

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