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Entre 1933 e 1945, a organização da Luftwaffe sofreu diversas alterações. Originalmente, o Oberkommando der Wehrmacht alemão havia decidido que a organização da força aérea seria baseada na organização dos outros dois ramos independentes: o exército (Heer) e a marinha (Kriegsmarine). Contudo, entre o período de rearmamento alemão e o início da guerra, a Luftwaffe foi sendo organizada de uma maneira geográfica.
Sob os termos do Tratado de Versalhes de 1919, a Alemanha ficou proibida de possuir uma força aérea, depois de a Luftstreitkräfte ter sido dissolvida em 1920. Assim, os pilotos alemães que continuariam a receber treino e formação teriam que o fazer de maneira secreta, primeiro na União Soviética durante os anos 20, e depois na própria Alemanha durante os anos 30; aqui, o treino era realizado por parte da Deutscher Luftsportverband (DLV).
A formação do ramo aéreo alemão foi anunciado publicamente em Fevereiro de 1935, com o Reichsmarschall Hermann Göring a assumir o cargo de Comandante-em-chefe, um acto de desafio para com o Tratado de Versalhes. Os planos iniciais consistiam em criar uma força em crescimento a longo prazo, durante um período de 5 anos, com a intenção de mais tarde vir a usar a Luftwaffe como uma força estratégica. Estes planos foram alterados várias vezes durante os primeiros anos, especialmente após o falecimento do general Walter Wever em Junho de 1936, tendo-lhe sucedido Ernst Udet. Assim, a Luftwaffe começou a orientar o seu esforço para desempenhar um papel de suporte às forças terrestres, o que veio a acontecer com sucesso durante a Blitzkrieg. Göring, devido à proximidade que tinha com Hitler e o poder adquirido ao longo dos anos na máquina governamental, foi capaz de dar à Luftwaffe mais recursos do que aqueles que foram recebidos pelo exército ou pela marinha. Isto fez da Luftwaffe a força aérea mais poderosa do continente europeu durante os seus anos iniciais. Em parte devido ao facto de ser uma força de suporte terrestre, a Luftwaffe foi sendo organizada como as unidades do exército, com cada unidade a controlar uma área especifica. Cada uma destas unidades tinha total controlo sobre todos os aspectos inerentes à Luftwaffe naquela área.