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Mapa de São Tomé (1665).

Não se tem registo de ocupação humana nas ilhas de São Tomé e Príncipe anterior a 1470, sendo que as marcações históricas dão aos portugueses João de Santarém e Pêro Escobar o título de descobridores das Ilhas. Os navegadores portugueses exploraram as ilhas e decidiram que seriam boas localizações para as bases de comercialização com o continente.

A ilha de São Tomé foi descoberta em 21 de dezembro de 1470, por João de Santarém, no dia de São Tomé. Vinte e sete dias depois, em 17 de janeiro de 1471, no dia de Santo Antão, Pêro Escobar chegou à ilha do Príncipe. Príncipe foi inicialmente chamado de Santo Antão, mudando o seu nome em 1502 para a Ilha do Príncipe, em referência ao Príncipe de Portugal para quem foram pagos impostos sobre a produção de açúcar da ilha.

O primeiro assentamento bem-sucedido de São Tomé foi estabelecido em 1493 por Álvaro de Caminha, que recebeu a terra como uma concessão da coroa. Príncipe foi liquidado em 1500 sob um arranjo semelhante. A atração de colonos mostrou-se difícil, sendo assim, a maioria dos primeiros habitantes foram "indesejáveis" enviados de Portugal, a maioria judeus. Com o tempo, esses colonos encontraram no solo vulcânico da região o local adequado para a agricultura, especialmente o cultivo de açúcar.