Predefinição:Copa São Paulo de Futebol Júnior de 2016 - Fase final

Quartas de final Semifinais Final
                   
         
 Pernambuco Sport  1
 
 Minas Gerais Cruzeiro  2  
 Minas Gerais Cruzeiro  1
 
   São Paulo Corinthians  2  
 São Paulo Corinthians  6
25 de janeiro - São Paulo
 São Paulo Ituano  1  
 São Paulo Corinthians  2 (3)
 
   Rio de Janeiro Flamengo (pen)  2 (4)
 São Paulo São Paulo  0
 
 Rio de Janeiro Flamengo  2  
 Rio de Janeiro Flamengo  2
 
   Minas Gerais América Mineiro  1  
 Minas Gerais América Mineiro (pen)  2 (3)
 Bahia Bahia  2 (2)