O Canal do Linguado é um canal brasileiro do estado de Santa Catarina e faz parte da Baía da Babitonga, sendo ligação entre ela e o Oceano Atlântico, separando a ilha de São Francisco do Sul do continente, formando uma laguna que se liga ao mar na barra sul da referida baía.

Foto de satélite onde aparece a ilha de São Francisco do Sul, a baía da Babitonga com suas ilhas e as cidades de Joinville e São Francisco do Sul. Na parte de baixo da foto, o Canal do Linguado. Clique na foto para ampliar.

Tem uma extensão de aproximadamente 23 km. Sua largura média é de 2 Km e se torna mais estreito na direção da barra sul, sendo e mais largo na direção da Babitonga. Existem alguns rios que desembocam nas águas do canal, como os rios Parati e Paranaguá-Mirim, em Araquari e rios Pinheiros e Miranda de menor expressão.

O canal, no trecho lagunar sul, além de estreito, possui vinte e duas ilhotas, sem contar a do Linguado (às vezes denominada João Dias), que é a maior em todo o braço de mar, com quatro quilômetros de comprimento. Exemplos são a ilha do Monteiro e a ilha do Lino, que ficam praticamente unidas à ilha de São Francisco, e a ilha da Passagem, que está quase agregada às suas margens continentais.

O canal foi fechado por um aterro para permitir a passagem da estrada de ferro, no ano de 1935. Isso resultou numa série de problemas ecológicos para a Baía da Babitonga e para a laguna da Barra do Sul pela interrupção do fluxo das correntes de maré que tinham grande influência na dinâmica estuarina. Observou-se a partir de então a diminuição das profundidades da baía, assoreamento e queda no rendimento das atividades pesqueiras. Hoje se discute a reabertura do canal para voltar a permitir o fluxo normal das correntes de maré. .

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