O primo de Manuel, [[Andrônico I Comneno|Andrônico Comneno]], que havia sido exilado durante o reinado dele, foi convidado de volta à corte pela [[porfirogênita]] Maria e marchou sobre a capital em 1182. Ele incitou a população, o que provocou o infame [[Massacre dos Latinos]], a maior parte deles comerciantes [[República de Veneza|venezianos]] e [[República de Gênova|genoveses]]. Após conquistar o controle da cidade, ele mandou prender a porfirogênita e Renier, enquanto que a imperatriz Maria foi presa e confinada no [[Mosteiro]] de [[São Diomedes]] (ou numa prisão próxima). A imperatriz tentou buscar ajuda com seu cunhado, o [[rei da Hungria|rei]] [[BélaBela III da Hungria]], sem sucesso. Andrônico obrigou Aleixo a assinar a ordem de execução da mãe e nomeou seu próprio filho, [[Manuel Comneno (nascido em 1145)|Manuel Comneno]], e o [[sebasto]] Jorge para a executarem, mas eles se recusaram. Então, de acordo com Nicetas, Maria foi estrangulada pelo [[hetaireiarcaheteriarca]] [[Constantino TripsicosTrípsico]] e pelo [[eunuco]] [[{{ilc|Pteriogenita||Pteriogenites]]}} e enterrada numa vala comum numa praia próxima<ref>Nicetas Coniates, ''Histories'' pp. 267-269 van Dieten; cf. [[EustátioEustácio de Tessalônica]], ''Saque de Tessalônica''.</ref>. Provavelmente por conta do sigilo em torno do assassinato, versões alternativas de sua morte circularam, como a de que ela teria sido colocada amarrada num saco e afogada<ref>[[Roger de Howden]], ''Annals'' 1180.</ref>. Andrônico se fez coroar co-imperador, o que salvou Aleixo II apenas por um breve período, pois ele logo foi morto e Andrônico tomou o controle do império. Algum tempo depois, o novo imperador [[damnatio memoriae|destruiu ou mutilou]] a maior parte das imagens de Maria em Constantinopla.
