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Nas [[Ilhas Galápagos]], famosas por sua geológica vulcânica, Darwin buscou por evidências ligando a vida selvagem com elementos que indicassem um início de vida antiga na Terra, e encontrou [[Fringilla|tentilhões]] (família científica: ''Fringillidae'') que variavam entre si de ilha em ilha, inclusive daqueles encontrados no [[Chile]]. Darwin soube de carapaças [[tartaruga]]s correspondentes de cada uma das ilhas, mas acabou falhando em coletá-las pois foram servidas como comida no navio.<ref name=k356>{{harvnb|Keynes|2001|pp=[http://darwin-online.org.uk/content/frameset?viewtype=text&itemID=F1925&pageseq=388 356–357]}}</ref><ref>{{harvnb|Sulloway|1982|p=19}}</ref> Na [[Austrália]], os marsupiais ''[[potoroidae]]'' e o [[ornitorrinco]] chamaram tanta a atenção de Darwin pelas suas peculiaridades que ele chegou a cogitar na obra de dois distintos [[Demiurgo|Criadores]].<ref name=Crows>{{cite web|url=http://darwin-online.org.uk/EditorialIntroductions/Chancellor_fieldNotebooks1.3.html|title=Darwin Online: Coccatoos & Crows: An introduction to the Sydney Notebook|accessdate=2 de janeiro de 2009|deadurl=no|archiveurl=https://web.archive.org/web/20090114015611/http://darwin-online.org.uk/EditorialIntroductions/Chancellor_fieldNotebooks1.3.html|archivedate=14 de janeiro de 2009|df=dmy-all}}</ref> Ele achou os [[Aborígenes australianos|aborígene]]s "bem-humorados e receptivos", e notou o quanto estavam ameaçados pela presença dos europeus.<ref>{{harvnb|Keynes|2001|pp=[http://darwin-online.org.uk/content/frameset?viewtype=text&itemID=F1925&pageseq=430 398–399].}}</ref>
 
Fitzroy investigou como os atóis das [[Ilhas Cocos (Keeling)|Ilhas Cocos em Keeling]] foram criados, e suas pesquisas corroboraram na formação da teoria de Darwin.<ref name=atolls /> O capitão começou a anotar os diários oficiais da expedição Beagle, anexando-os com os de Darwin após uma proposta.<ref name=Letter301>{{cite web|url=http://www.darwinproject.ac.uk/darwinletters/calendar/entry-301.html|title=Darwin Correspondence Project&nbsp;– Letter 301&nbsp;– Darwin, C.R. to Darwin, C.S., 29 Apr 1836|deadurl=no|archiveurl=https://www.webcitation.org/617qzmWSB?url=http://www.darwinproject.ac.uk/entry-301|archivedate=22 de agosto de 2011|df=dmy-all}}</ref> O diário de Darwin foi posteriormente separado em um terceiro volume sobre história natural.<ref>{{Harvnb|Browne|1995|p= 336}}</ref>
 
Em [[Cape Town]], Darwin e Fitzroy conheceram [[John Herschel]], apoiador do uniformitarianismo de Lyell e de "mente aberta para o mistérios dos mistérios, o porquê da 'substituição' de espécies por outras", em um processo "que contraria uma intervenção milagrosa".<ref name=Rascals>{{harvnb|van Wyhe|2007|p=[http://darwin-online.org.uk/content/frameset?viewtype=text&itemID=A544&pageseq=21 197]}}</ref> Enquanto organizava seus diários na volta para casa, Darwin deixou anotado que, se suas suspeitas sobre os fringilídeos, tartarugas e [[raposa]]s das [[Ilhas Falkland]] estavam corretas, " tais fatos 'estabelecem' uma base comum entre as espécies", e então cuidadosamente acrescentou um "poderia estabelecer" ao invés de apenas "estabelecer".<ref name=xix>{{Harvnb|Keynes|2000|pp=[http://darwin-online.org.uk/content/frameset?viewtype=text&itemID=F1840&pageseq=22 xix–xx]}}<br />{{Harvnb|Eldredge|2006}}</ref> Mais tarde Darwin foi incisivo que os fatos "jogam uma luz para mim sobre a origem das espécies".<ref>{{Harvnb|Darwin|1859|loc=[http://darwin-online.org.uk/content/frameset?itemID=F373&viewtype=text&pageseq=16 p. 1]}}</ref>