Mechnikov morreu em Paris em 1916, vitimado por ataque cardíaco.<ref>{{citecitar newsjornal|autor |author=B. I. Goldstein |titletítulo=Elie Metchnikoff |url=https://news.google.com/newspapers?id=BQodAAAAIBAJ&sjid=xGEEAAAAIBAJ&pg=6460,5413902&dq=%C3%A9lie+metchnikoff&hl=en |quotecitação= |newspaperjornal=[[Canadian Jewish Chronicle]] |datedata=21 de julho de 1916 |accessdateacessodata=16 de maio de 2019}}</ref> De acordo com seu testamento, seu corpo foi usado para pesquisas médicas e depois cremado no crematório do [[Cemitério do Père-Lachaise]]. A urna com suas cinzas foi colocada na biblioteca do [[Instituto Pasteur]].<ref>[https://jlb.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1189/jlb.0211094 The historical milestones in the understanding of leukocyte biology initiated by Elie Metchnikoff] por Jean‐Marc Cavaillon</ref>
